Ultra-Hochdurchsatz-DNA-Sequenzierplattform

• Fachliche Zuordnung: Grundlagen der Biologie und Medizin
• Förderung: Förderung in 2008
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 90825743

Ein Ziel des ZBSA ist die Erhebung quantitativer Daten von vielen Systemkomponenten und die anschließende Integration der Daten in prädiktive Modelle. Einen wichtigen Eckpfeiler für die Primärdatenerhebung stellen die vier Kernkompetenzen Genomics, Proteomics, Life Imaging und Metabolomics dar. Um die erfolgreiche Durchführung der erwähnten Projekte zu ermöglichen und die zuvor beschriebenen systembiologischen Fragestellungen als Core Facility Genomics im Rahmen des ZBSA erfolgreich bearbeiten zu können, müssen wir eine Primärdatenerhebung gewährleisten, die zum einen vergleichbare Daten auf internationalem Niveau generiert und zum anderen die Vielfalt der geforderten Analysen im Bereich der Hochdurchsatz-Datenerhebung gewährleistet. Die beantragte Analyseplattform gewährleistet die zuvor erwähnte Vielfalt und Vergleichbarkeit der generierten Daten. Dies beinhaltet in Erweiterung zu den schon bestehenden Möglichkeiten die Hochdurchsatz basierte Resequenzierung von Bacs, kleineren als auch größeren Genomen und die damit einhergehende Detektion genetischer Variationen (z.B. SNPs, Deletionen, Insertionen). Eine Erweiterung zu den schon bestehenden Möglichkeiten der ChIP on Chip-Technologie im Rahmen der Untersuchung von z.B. Protein-DNA Interaktionen oder der Untersuchung des Methylierungsmusters der DNA stellt die Möglichkeit der Durchführung von Immunpräzipitat Sequenzierungs-Analysen dar. Eine ebenfalls sehr bedeutende Erweiterung zu den vorhandenen Chip-Technologien stellt die Möglichkeit der Untersuchung kleiner regulatorischer RNA Elemente dar. Des Weiteren erlaubt diese Technologie basierend auf dem DGE Taq Profiling die Analyse aller Transkripte eines Genoms oder die Kandidatenregion bezogene Analyse vieler Proben.

• DFG-Verfahren: Forschungsgroßgeräte
• Gerätegruppe: 3150 DNA-Sequenzer
• Antragstellende Institution: Albert-Ludwigs-Universität Freiburg
• Leiter: Dr. Thorsten Kurz