Untersuchung des Kopplungsgleichgewichts beim Raps (Brassica napus L.)
Zusammenfassung der Projektergebnisse
Das Kopplungsungleichgewicht wurde im OO-Winterraps untersucht um (1) den Einfluss einer intensiven Züchtung mit einer scharfen Selektion auf bestimmte Qualitätsmerkmale auf das Kopplungsungleichgewicht zu untersuchen und (2) die Voraussetzungen für Assoziationskartierungen beim Raps zu bestimmen. Insgesamt wurden 845 kartierte AFLP-Marker mit Allelfrequenzen ?0,1 benutzt um das Kopplungsungleichgewicht in einer Population von 85 Winterrapsgenotypen aus aktuellen Zuchtprogrammen zu untersuchen. Mit einem r2-Wert von nur 0,027, gemittelt über alle 356.590 möglichen Markerpaare, wurde ein sehr niedriges allgemeines Niveau Von Kopplungsungleichgewicht gefunden. Dies bestätigte sich in der Beobachtung, dass sich nur 0,78% der Markerpaare in signifikantem Kopplungsungleichgewicht befanden. Unter gekoppelten Markerpaaren, also Markerpaaren bei denen beide Marker auf der gleichen Kopplungsgruppe Hegen, war das Niveau des Kopplungsungleichgewichts etwa fünffach höher mit nahezu 12% der Markerpaare in signifikantem Kopplungsungleichgewicht. Das Kopplungsungleichgewicht nahm rasch mit der Distanz zwischen gekoppelten Markern ab. Ein hohes Niveau von Kopplungsungleichgewicht erstreckt sich nur über etwa 2 cM. Unter ungekoppelten Markern wurde fast kein signifikantes Kopplungsungleichgewicht gefunden. Auf Grund der raschen Abnahme des Kopplungsungleichgewichts mit steigender Entfernung zwischen gekoppelten Markern sollte eine Assoziationskartierung von QTL jm OO-Winterraps eine deutlich höhere Auflösung haben, als eine herkömmliche QTL-Kartierung in einer spaltenden Population aus einer biparentalen Kreuzung. Andererseits wird eine weit höhere Markerzahl benötigt, um das Genom für eine „whole genome" Assoziationkartierung mit Marker zu sättigen. Ein Einfluss der intensiven Qualitätszüchtung beim Raps auf das Kopplungsungleichgewicht wurde nicht gefunden.
Projektbezogene Publikationen (Auswahl)
- (2010) Extent and structure of linkage disequilibrium in canola quality rapeseed {Brassica napus L.). Theor Appl Genet 120: 921-931
Ecke W, Clemens R, Honsdorf N, Becker HC
