Zentrum für mikrobielle Einzelzell-RNA-seq (MICROSEQ)

• Fachliche Zuordnung: Medizinische Mikrobiologie und Mykologie, Hygiene, Molekulare Infektionsbiologie
• Förderung: Förderung seit 2022
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 503267551

In den sieben Jahren seit ihrer Gründung hat die Core Unit SysMed der Universität Würzburg Next generation sequencing (NGS)-Technologie und entsprechende Datananalyse für eine schnell wachsende Zahl von lokalen, nationalen und internationalen Nutzern bereitgestellt. In Würzburg gilt die SysMed inzwischen als Vorbild für die Organisation von neuer Forschungsinfrastruktur. SysMed hat sich insbesondere im Bereich der Hochdurchsatzsequenzierung von RNA (RNA-seq) profiliert, und ermöglicht einfachen Zugang und zuverlässigen Service zu Genexpressionsanalyse von Mikroben und Eukaryoten, dazu Methoden für post-transkriptionelle Kontrolle und RNA-Protein-Interaktionsstudien. Angesichts der zunehmenden Wichtigkeit von Einzelzellbiologie wollen wir SysMed zu einem internationalen Zentrum für NGS-basierte Einzelzell-Transkriptomik entwickeln. Während Einzelzell-RNA-seq (scRNA-seq) von eukaryotischen Zellen mit kommerziell erhältlichen Plattformen weit entwickelt ist, ist die Transkriptomik von einzelnen Mikroben noch weitgehend Neuland. Dank jüngster methodischer Durchbrüche, u.a. von Würzburger Wissenschaftlern, ist scRNA-seq von Bakterien nun machbar. Dieser Ansatz verspricht einen neuartigen Ansatz in der Mikrobiologie, mit dem hochaufgelöst die Genaktivität in komplexen mikrobiellen Konsortien (Mikrobiom) oder die Sensibilität von Krankheitserregern in klinischen Proben bestimmt werden kann. Doch trotz erster Anfangserfolge steckt bakterielles scRNA-seq derzeit noch in den Kinderschuhen. Um das ganze Potenzial der Einzelzell-Transkriptomik für die Mikrobiologie und Infektionsforschung zu heben, beantragen wir Unterstützung für ein Zentrum für Einzelzell-RNA-seq von Mikroben (MICROSEQ). Aufbauend auf dem Erfolg von SysMed soll MICROSEQ generische Protokolle für schnelle, kosteneffiziente und hochdurchsatzfähige bakterielle scRNA-seq entwickeln, modernste Datenanalyse- und Visualisierungsstrategien bereitstellen und Ausbildungsmöglichkeiten für Mikrobiologen in Würzburg und anderswo anbieten. MICROSEQ ist mit seinem Fokus und der gebündelten Expertise der beteiligten Wissenschaftler bisher einzigartig und entspricht den Bemühungen der DFG, die Anwendung von NGS-Technologie an deutschen Universitäten zu fördern.

• DFG-Verfahren: Gerätezentren
• Antragstellende Institution: Julius-Maximilians-Universität Würzburg
• Leiter: Professor Dr. Jörg Vogel