MALDI-TOF/TOF Massenspektrometer
Zusammenfassung der Projektergebnisse
Das Q-TOF Premier wird in der Technologieplattform „Integrierte Funktionelle Genomik" (IFG) routinemäßig zur Identifizierung vorgetrennter Proteine eingesetzt. Hunderte solcher Analysen sind seit seiner Inbetriebnahme innerfakultär und universitätsweit durchgeführt worden. Die hohe Massengenauigkeit und Auflösung des Spektrometers sowie die Möglichkeit der Gasphasenfragmentierung erleichtern die Generierung besonders zuverlässiger Daten. Sowohl bekannte als auch unbekannte Proteine werden untersucht. Die Kopplung des Gerätes an eine äußerst reproduzierbar arbeitende Nanochromatographie-Anlage erlaubte außerdem die Etablierung der labelfreien Proteinexpressionsanalytik komplementär zum gelbasierten DIGE-Verfahren. Parallel zur Erzeugung von Expressionsdaten in Bakterien-, Insekten- und Säugetierproteomen wurde deren bioinformatische Auswertung mittels multivariater Statistik aufgebaut, so dass in der IFG nun eine umfassende Expressionsanalytik von der Gen- bis zur Proteinregulation angeboten werden kann. Diese wurde bereits für eine Reihe verschiedenartiger Proteome durchgeführt. Darüber hinaus wird das Instrument in Forschungsprojekten eingesetzt, die sich mit Proteinmodifikationen wie Phosphorylierung, Nitrosylierung, Acetylierung, Myristoylierung usw. beschäftigen. Besondere Scan-Modi wie der parent ion scan oder der neutral loss scan sind dabei wichtig. Auch nichtkovalente Protein-Komplexe werden gemessen. Zusätzlich zur Protein- und Peptidanalytik hat sich das Q-TOF Premier in der LC-MS-Kopplung auch für die Urinprofilierung und Biomarkeranalyse in der klinischen Forschung bewährt. Zur Auswertung wurde die Hauptkomponentenanalyse etabliert. Eine Reihe weiterer Messmethoden wurden für das Gerät geschaffen, wie z.B. die Detektion von Pharmazeutika wie Imatinib in Zelllysaten und die Fettsäurebestimmung in Serum. Das Gerät ist voll ausgelastet und wird generell zur Untersuchung aller der Analyse zugänglichen Stoff- und Probenklassen genutzt.
Projektbezogene Publikationen (Auswahl)
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»Axonal regeneration in the organotypically cultured monkey retina: Biological aspects, dependence on substrates and age-related proteomic profiling« Restor. Neurol. Neurosci. (2008) 8:706-714
Rose, K., Schröer, U., Volk, G.F., Schlatt, S., König, S., Feigenspan, A., Thanos, S.
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»Biological activity and identification of neuropeptides in the neurosecretory complexes of the cabbage pest insect Mamestra brassicae (Noctuidae; Lepidoptera)« Acta Biologica Hungarica (2008) 59,4: 385-402
Fonagy, H. Marco, S. König, G. Gäde
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»Detection of ATP-binding to growth factors« JASMS (2008) 19,1: 91-95
S. König, S. Pallast, A. Hasche, J. Krieglstein, S. Klumpp
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»Homologous housekeeping proteins in Nocardia - The NoDaMS proteomic database« Frontiers in Bioscience (2008) 13:842-855
S. König, A.-M. Mehlich, D. Ackermann, M. E. Hamid, N. S. Saeed, M. Mukhtar, M. El Hassan
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»Critical role of transcription factor cyclic AMP response element modulator in beta1-adrenoceptor-mediated cardiac dysfunction« Circulation (2009) 119:79-88
Lewin, G., Matus, M., Basu, A., Frebel, K., Rohsbach, S.P., Safronenko, A., Seidl, M.D., Stümpel, F., Buchwalow, I., König, S., Engelhardt, S., Lohse, M.J., Schmitz, W., Müller, F.U.
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»Binding of ATP to nerve growth factor: Characterization and relevance for bioactivity« Neurochemistry Intern. (2010) 56:276-284
Hasche, A., Ferenz, K. B., Rose, K., König. S., Humpf. H.-U., Klumpp, S., Krieglstein, J.
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»Field-based ion generation from microscale emitters on natural and artificial objects for atmospheric pressure mass spectrometry« Analytical and Bioanalytical Chemistry (2010) 397,8:3311-3316
Pirkl, A., Dreisewerd, K., Yew, J., König, S.
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»Stepchild phosphohistidine: Acid-labile phosphorylation becomes accessible by functional proteomics« Analytical and Bioanalytical Chemistry (2010) 397,8: 3209-3212
Hohenester, U. M., Ludwig, K., Krieglstein, J., König, S.
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»Small colony variants of Staphylococcus aureus reveal distinct protein profiles« Proteomics 2011
Kriegeskorte, A., König, S., Sander, G., Pirkl, A., Mahabir, E., Proctor, R. A., von Eiff, C., Peters, G., Becker, K.
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»Urine molecular profiling distinguishes health and disease: New ways in diagnostics? Test case UPLC-MS« Expert Review of Molecular Diagnostics (2011) 11(4): 383-391
König, S.
