Neue Techniken zur Kartographierung von Modifikationen und effizientes Management von RNA-Seq Daten (C01)

• Fachliche Zuordnung: Bioinformatik und Theoretische Biologie
• Förderung: Förderung seit 2021
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 439669440

Experimentelle Verfahren zum Modifikations-Mapping, als Basis der Epitranskriptom-Forschung, setzen die effektive Verarbeitung großer Sequenzierdatenmengen voraus. Neue Anforderungen an Datenformate erfordern beträchtlichen Aufwand an Daten-Verarbeitung und -Analyse. Basierend auf einem neuen chemischen Mapping-Konzept soll hier das dazugehörende experimentelle Verfahren konzertiert mit Mapping- und Base-Calling-Algorithmen entwickelt werden, um Genauigkeit und Geschwindigkeit zu maximieren. Dies beinhaltet Maschinenlernen, ultra-schnelle Implementierung und nutzerfreundliche Pipelines, sowie Übertragbarkeit auf neue Mapping Ansätze.

• DFG-Verfahren: Transregios
• Teilprojekt zu: TRR 319: RMaP: RNA Modifikation und Prozessierung
• Antragstellende Institution: Johannes Gutenberg-Universität Mainz
• Teilprojektleiter: Professor Dr. Mark Helm; Professor Dr. Andreas Hildebrandt; Professor Dr. Bertil Schmidt