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Projekt
Struktur-Funktionsanalyse eines neuen, mütterlich vermittelten, multifunktionalen RNP-Komplexes in C. elegans.
Antragsteller
Professor Dr. René Ketting, Ph.D.
Fachliche Zuordnung
Allgemeine Genetik und funktionelle Genomforschung
Biochemie
Entwicklungsbiologie
Zellbiologie
Biochemie
Entwicklungsbiologie
Zellbiologie
Förderung
Förderung von 2019 bis 2023
Projektkennung
Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 427401628
In diesem Projekt werden Experimenten präsentiert, die darauf gerichtet sind ein neues, RNA-Prozessierung relatiertes Proteinkomplex zu charakterisieren. Dieser Komplex, genannt PETISCO und in C. elegans identifiziert, besteht sowohl aus hochkonservierten als auch aus mehr C. elegans spezifischen Proteinen. Die nematoden-spezifische Proteine sind PID-3 und TOFU-6. PID-3 hat eine MID- und eine RRM-Domäne, und TOFU-6 hat eine Tudor- und eine RRM-Domäne. Stark konservierte Proteine sind IFE-3, ein Homolog von eIF4E und ERH-2, eines der Nematoden-Homologe von "enhancer of rudimentary". Letzteres ist ein kleines Protein mit bekannten Rollen, wenn auch mechanistisch ungelöst, in der mRNA-Homöostase in S. pombe. PETISCO ist wichtig für die Biogenese einer bestimmten Klasse von kleinen RNAs (piRNAs), betrifft aber auch die Spleißleiter-RNA, SL1 und Histon-mRNA. Diese RNA-Spezies wurden bisher noch nicht mechanisch verknüpft, so dass der PETISCO-Komplex eine neuartige und einzigartige Schnittstelle zwischen diesen RNA-Spezies darstellt. Interessanterweise haben wir zwei Proteine identifiziert, PID-1 und TOST-1, die sich gegenseitig ausschließend an PETISCO binden und die anscheinend helfen, die Funktion des PETISCO-Komplexes zu definieren. Dies gibt uns einen einzigartigen Griff, um verschiedene Aspekte dieses Multi-Protein-Komplexes zu untersuchen. Darüber hinaus haben wir bereits die Wechselwirkungen zwischen den verschiedenen PETISCO-Untereinheiten aufgeklärt und damit einen startbereiten Rahmen für die vorgeschlagenen Studien geschaffen. Ziel des Projekts ist es, die PETISCO-Biochemie in vitro und ihre Funktion in vivo zu verstehen. Der Schwerpunkt liegt auf dem Verständnis der PETISCO-Funktion in Bezug auf das Trans-Spleißen von mRNAs und auf dem Histon-mRNA- Homöostase. Die verwendeten Techniken reichen von der rekombinanten Protein-Technologie und Strukturbiologie über die Genombearbeitung bis hin zu phänotypischen Analysen bei C. elegans.
DFG-Verfahren
Schwerpunktprogramme
