Competence Centre for Genomic Analysis Kiel

• Fachliche Zuordnung: Allgemeine Genetik und funktionelle Genomforschung
• Förderung: Förderung seit 2018
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 407495230

Die Erschließung großer Sequenzräume durch ultraschnelle Sequenzierung ("Next-Generation-Sequencing", NGS) ist in den letzten Jahren zu einem wichtigen Werkzeug in den Lebenswissenschaften geworden.Das Hauptziel des Antrags ist die Etablierung eines DFG NGS Kompetenzzentrums (Competence Center for Genomic Analysis (CCGA) Kiel) an der Christian-Albrechts-Universität Kiel. Obwohl die lokale NGS Plattform bereits seit 10 Jahren in nationalen und internationalen Kooperationen erfolgreich verankert ist, sieht die Universität diese Weiterentwicklung zu einem Kompetenzzentrum als wichtige strategische Strukturmaßnahme an. Das CCGA Kiel konzentriert sich auf 5 Kompetenzfelder (Expertise areas, EAs): (I) Genomik menschlicher Krankheit, (II) Evolutionäre und vergleichende Genomik, (III) Archaeogenomik, (IV) Mikrobielle Genomik und Mikrobiom-Analyse und (V) Genomische Methoden und Bioinformatik-Tools.Die verschiedenen strukturellen Elemente des Netzwerks, von der Projektberatung und dem transparenten Projektmanagement (u.a. Webprojektportal SOP-Protokolle, LIMS) bis zu breiten bioinformatischen Ressourcen zur Datenanalyse, werden eine stabile Durchführung von großangelegten NGS-Projekten ermöglichen. Die vom Kompetenzzentrum verwendeten Protokolle reflektieren hierbei die Bedürfnisse der jeweiligen Projektpartner (z.B. Genomsequenzierung diverser Taxa, gezielte Resequenzierung, Transkriptom-Sequenzierung und Epigenom-Sequenzierung) und werden kontinuierlich neuen Entwicklungen angepasst. Für die einzelnen Datentypen stehen am CCGA spezialisierte Wissenschaftler („liaison scientists“) als Kontaktstellen für externe Partner zur Verfügung, wobei die Unterstützung von der routinemäßigen Datengenerierung bis zur tiefergehenden wissenschaftlichen Kooperation mit vollständiger bioinformatischer Exploration reichen kann. Das CCGA unterstützt bei Kosten- und Leistungsberechnung und hilft, die optimale Technologie für die jeweilige wissenschaftliche Frage auszuwählen. Zusätzlich besteht eine enge Verbindung zum Bioinformatiknetzwerk de.NBI, über welches weitere inhaltliche Beratung von Partnern abgebildet wird.Das CCGA hat sich Nutzungsregeln gegeben, die allen externen und internen Partnern einen stabilen und fairen Zugang zum Kompetenzzentrum gewährleisten. Ein wichtiges Element ist ein Projektkomitee, das transparente Projektberatung, Terminplanung und Produktionsprozesse steuert. Die Infrastruktur versteht sich bewusst nicht als reine Servicestruktur, sondern als eine Einrichtung, die durch ihre kritische Masse und kooperative Herangehensweise eine innovative Projektentwicklung auf nationaler und internationaler Ebene ermöglicht.Neben der Produktion von NGS-Daten wird die CCGA die Verbreitung und Anwendung von NGS-Technologien durch ein Lehrprogramm für alle Nutzergruppen (von Studenten bis zu Lehrkräften) fördern. Das Programm umfasst u.a. die Erstellung von curricularen Lehrmodulen, die z.B. in bestehende externe Master-Programme integriert werden können.

• DFG-Verfahren: Großgeräteinitiative
• Großgeräte: 2x System for Sample Preparation (Library Preparation System) ; High Throughput DNA Sequencer ; IT Infrastructure (Data Storage)
• Gerätegruppe: 1060 Dilutoren, Pipettiergeräte, Probennehmer ; 3150 DNA-Sequenzer ; 7100 Arbeitsspeicher, RAM
• Antragstellende Institution: Christian-Albrechts-Universität zu Kiel
• Leiter: Professor Philip Caspar Rosenstiel, Ph.D.