Nukleotid-auflösender Kartierung von naszierender RNA um Prinzipien von transkriptioneller Reorganisation des humanen Genoms infolge von Signalwegsaktivierung zu verstehen.

• Antragsteller: Professor Dr. Argyris Papantonis; Professor Dr. Karsten Rippe
• Fachliche Zuordnung: Allgemeine Genetik und funktionelle Genomforschung ; Zellbiologie
• Förderung: Förderung von 2016 bis 2021
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 290613333

Obwohl humane mRNA mittlerweile routiniert katalogisiert wird, besteht weiterhin die Herausforderung das naszierende Transkriptom zu analysieren. Die verschiedenen verfügbaren Methoden sind bislang sehr arbeitsintensiv und konzentrieren sich nur auf Teile der Transkriptomanalysen. Vor kurzem wurde von uns die Methode factory RNA-seq vorgestellt. Diese ermöglicht es vollständig sowohl kodierende- als auch nicht-kodierende naszierende RNA bei geringer Sequenzierungstiefe zu erfassen. Dennoch fehlt noch immer das Verständnis für die räumlich-zeitliche Auflösung neu-gebildeter RNAs während der Transkription und deren Zusammenhang während der RNA-Prozessierung. Mit diesem Antrag beabsichtigen wir unsere factory RNA-seq Methode bis zu einer Auflösung von Einzelnukleotiden und Einzeltranskriptom weiter zu entwickeln. Angewendet wird dies auf humane primäre Endothelzellen vor und nach Zytokinstimulation mit TNFalpha oder TGFbeta. Hierdurch wird es uns möglich sein die topologische und zeitliche Abfolge der naszierenden RNA-produktion zu verfolgen und deren Rolle an Stellen aktiver Transkription zu beurteilen. Schließlich wird dies unser bisheriges Verständnis zur Reorganisierung des humanen Transkriptoms infolge von Signalwegsaktivierung bei außerordentlich hoher Auflösung erweitern.

• DFG-Verfahren: Sachbeihilfen