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Projekt
Reagieren langlebige Koniferen auf Umweltstressoren mit somatisch epigenetischem Priming? Genomweite basengenaue Analyse von Methylierung mit Hilfe von Exome Capture und Bisulfitsequenzierung bei Fichte.
Antragstellerin
Professorin Dr. Katrin Heer
Fachliche Zuordnung
Forstwissenschaften
Genetik und Genomik der Pflanzen
Genetik und Genomik der Pflanzen
Förderung
Förderung von 2014 bis 2016
Projektkennung
Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 270835586
Für Bäume als langlebige sessile Organismen mit langen Generationszeiten stellt die Anpassung an Umweltveränderungen eine große Herausforderung dar. Mehr noch als für andere Organismen können epigenetische Mechanismen für Bäume eine schnelle und damit zentrale Mitigationsstrategie darstellen. Allerdings stellte und stellt die Erforschung epigenetischer Prozesse und Mechanismen insbesondere bei Koniferen, mit ihren großen und repetitiven Genomen, eine große Herausforderung dar. Durch die Fertigstellung des ersten Koniferen Referenzgenoms bei Picea abies im vergangenen Jahr, sowie insgesamt der Bereitstellung effizienter genomischer Techniken, ergeben sich neue Forschungsmöglichkeiten. Im Rahmen dieses Antrags soll mit der Verknüpfung von Genome Capture und Bisulfitsequenzierung weite Teile des Methylom der Fichte basengenau abgebildet werden. Anders als bei krautigen Annuellen ist die Bereitstellung von geeignetem Untersuchungsmaterial bei Bäumen außerordentlich schwierig. Dieser Antrag profitiert von einer 1990 etablierten Fichtensamenplantage sowie den noch vorhandenen dazugehörigen Ausgangsbäumen aus jeweils stark unterschiedlichen Umwelten.Mit dem Forschungsvorhaben wollen wir klären, ob Fichtenklone in unterschiedlichen Umwelten gerichtete Unterschiede im Methylierungsmuster ausbilden. Mit Hilfe hier etablierter bioinformatischer Pipelines, sowie den nun verfügbaren Genannotationen des Fichtengenoms soll im zweiten Schritt á posteriori geklärt werden, ob Methylierungsunterschiede in spezifischen Genen bzw. deren Umgebungen auftreten.
DFG-Verfahren
Sachbeihilfen
