Molekulardynamik-Simulationen zur Bestimmung von Entfaltungspfaden und stabilen Konformationen von DNAG-Quadruplexen (C08*)

• Fachliche Zuordnung: Statistische Physik, Nichtlineare Dynamik, Komplexe Systeme, Weiche und fluide Materie, Biologische Physik
• Förderung: Förderung von 2015 bis 2018
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 17546514

Mittels atomistischer Molekulardynamik-Simulationen sollen die Entfaltungspfade und stabilen Konformationen von DNA G-Quadruplexen untersucht werden. G-Quadruplexe bestehen aus nicht-Watson-Crick-artigen DNA-Strukturen, wobei sich wiederholende Sequenzen von Guanin typisch sind. Unter Berücksichtigung der Metadynamik-Methode sollen die Strukturen zur Entfaltung gebracht und die stabilen Konformationen anhand der berechneten freien Energielandschaften ermittelt werden. Weitere Analysen mittels der Umbrellaintegration sollen Aufschluss über die detaillierten Entfaltungspfade geben. Zusätzlich wird der Einfluss von Osmolyten auf die Stabilität der Strukturen untersucht.

• DFG-Verfahren: Sonderforschungsbereiche
• Teilprojekt zu: SFB 716: Dynamische Simulation von Systemen mit großen Teilchenzahlen
• Antragstellende Institution: Universität Stuttgart
• Teilprojektleiter: Professor Dr. Johannes Kästner; Dr. Jens Smiatek