Hochdurchsatz-Screening Mikroskop
Final Report Abstract
Das Gerät wird vor allem für siRNA und shRNA Screens eingesetzt, die optisch ausgewertet werden. Daneben werden auch Substanzbanken niedermolekularer Inhibitoren eingesetzt. Ziel dieser Arbeiten ist dreierlei: Erstens wird nach E3-Ubiquitinligasen, de-ubiquitinierenden Enzymen und deren Kofaktoren gesucht, die die Stabilität von Onkogenen und Transkriptionsfaktoren kontrollieren. Dazu wurde eine Bibliothek von siRNAs gegen human E3 Ligasen und DUBs in verschiedenen Zellinien und experimentellen Paradigmen untersucht. In diesen Experimenten wurden neue Ubiquitinligasen und de-ubiquitinierende Enzyme für MYC, N-MYC, und beta-Catenin gefunden. Teil dieser Arbeiten war es auch, die Regulation der Stabilität von N-MYC und MYC durch die Komplexbildung mit Aurora-A mechanistische zu verstehen. Zweitens wurden in mehreren Projekten die Effekte von shRNAs auf das Wachstum und die Migration von Tumorzellen charakterisiert. In diesen Projekten ging es vor allem darum, Gene zu charakterisieren, für die eine wichtige Funktion in der Physiologie von Krebszellen vermutet wird. Dazu gehören Gene, die für Proteine des Lipidstoffwechsels oder der Autophagie kodieren. Eine besondere Rolle spielt diese Arbeit in der DFG-Forschergruppe „Therapeutic Windows“, in der eine Reihe standarisierter zellulärer Stress-Assays für alle Teilprojekte durchgeführt werden. Drittens wurden Substanzbanken durchsucht, die Substanzen enthalten, die in bakterielle Infektionsprozesse und in den Metabolismus eukaryontischer Zellen eingreifen. Dazu wurden zum Beispiel optische auszuwertende Infektionsassays von Säugerzellen durch Chlamydien als auch Proliferations und Migrationsassays von Säugerzellen ausgewertet.
Publications
- (2015) Targeting translation initiation bypasses signaling crosstalk mechanisms that maintain high MYC levels in colorectal cancer. Cancer Discovery, 5:768-81
Wiegering, A., Uthe, F.W., Jamieson, T., Ruoss, Y., Hüttenrauch, M., Küspert, M., Pfann, C., Nixon C., Herold, S., Walz, S., Taranets, L., Germer, C.T., Rosenwald, A., Sansom, O.J., and Eilers, M.
(See online at https://doi.org/10.1158/2159-8290.CD-14-1040) - (2015). Ubiquitindependent turnover of MYC antagonizes MYC/PAF1C complex accumulation to drive transcriptional elongation. Molecular Cell, 61:54-67
Jaenicke, L.A., von Eyss, B., Carstensen, A., Wolf, E., Xu, W., Greifenberg, A., Geyer, M., Eilers, M., and Popov, N.
(See online at https://doi.org/10.1016/j.molcel.2015.11.007) - Inhibitory activities of the marine streptomycetederived compound SF2446A2 against Chlamydia trachomatis and Schistosoma mansoni. J Antibiot (Tokyo). 2015 Nov;68(11):674-9
Reimer A, Blohm A, Quack T, Grevelding CG, Kozjak-Pavlovic V, Rudel T, Hentschel U, Abdelmohsen UR
(See online at https://doi.org/10.1038/ja.2015.54) - (2016) Different promoter affinities account for specificity in MYC-dependent gene regulation. eLife, e15161
Lorenzin, F., Benary, U., Baluapuri, A., Walz, A., Jung, L.A., v. Eyß, B., Kisker, C., Wolf, J., Eilers, M., and Wolf, E.
(See online at https://doi.org/10.7554/eLife.15161) - (2016) N-Myc induces an EZH2-mediated transcriptional program driving neuroendocrine prostate cancer. Cancer Cell, Oct 10;30(4):563-577
Dardenne, E., Beltran, H., Benelli, M.,Gayvert, K., Berger, A., Puca, L., Cyrta, J., Sboner, A., Noorzad, Z., MacDonald, R., Cheung, C., Yuen, K.S., Gao, D., Chen, Y., Eilers, M., Mosquera, J.M., Robinson, B.D., Elemento, O., Rubin, M.A., Demichelis, F., and Rickman, D.S.
(See online at https://doi.org/10.1016/j.ccell.2016.09.005) - (2016) The interaction of Myc with Miz1 defines medulloblastoma subgroup identity. Cancer Cell, 29:5-16
Vo, B.T., Wolf, E., Kawauchi, D., Gebhardt, A., Rehg, J.E., Finkelstein, D., Walz, S., Murphy, B.L., Youn, Y.H., Han, Y.G., Eilers, M., and Roussel, M.F.
(See online at https://doi.org/10.1016/j.ccell.2015.12.003) - Inhibitors of macrophage infectivity potentiator-like PPIases affect neisserial and chlamydial pathogenicity. Int J Antimicrob Agents. 2016 Oct;48(4):401-8
Reimer A, Seufert F, Weiwad M, Ebert J, Bzdyl NM, Kahler CM, Sarkar-Tyson M, Holzgrabe U, Rudel T, Kozjak-Pavlovic V
(See online at https://doi.org/10.1016/j.ijantimicag.2016.06.020) - Natural mutations in a Staphylococcus aureus virulence regulator attenuate cytotoxicity but permit bacteremia and abscess formation. Proc Natl Acad Sci USA. 2016 May 31;113(22):E3101-10
Das S, Lindemann C, Young BC, Muller J, Österreich B, Ternette N, Winkler AC, Paprotka K, Reinhardt R, Förstner KU, Allen E, Flaxman A, Yamaguchi Y, Rollier CS, van Diemen P, Blättner S, Remmele CW, Selle M, Dittrich M, Müller T, Vogel J, Ohlsen K, Crook DW, Massey R, Wilson DJ, Rudel T, Wyllie DH, Fraunholz MJ
(See online at https://doi.org/10.1073/pnas.1520255113) - Staphylococcus aureus Exploits a Nonribosomal Cyclic Dipeptide to Modulate Survival within Epithelial Cells and Phagocytes. PLoS Pathog. 2016 Sep 15;12(9):e1005857
Blättner S, Das S, Paprotka K, Eilers U, Krischke M, Kretschmer D, Remmele CW, Dittrich M, Müller T, Schuelein-Voelk C, Hertlein T, Mueller MJ, Huettel B, Reinhardt R, Ohlsen K, Rudel T, Fraunholz MJ
(See online at https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1005857) - OmoMyc blunts promoter invasion by oncogenic MYC to inhibit gene expression characteristic of MYC-dependent tumors. Oncogene, Oct 2017
Jung, L.A., Gebhardt, A., Koelmel, W., Ade, C.P., Walz, S., Kuper, J., von Eyss, B., Letschert, S., Redel, C., d’Artista, L., Blankin, A., Zender, L., Sauer, M., Wolf, E., Evan, G., Kisker, C., and Eilers, M.
(See online at https://doi.org/10.1038/onc.2016.354)
