Triple Quadrupol-Massenspektrometer mit Trap-Funktion
Zusammenfassung der Projektergebnisse
Das QTRAP4000 Massenspektrometer ergänzt die Ausstattung des Labores in idealer Weise, da mit diesem System gerichtete Analysen, wie „multiple reaction monitoring (MRM) möglich sind. Nach einem tryptischen Verdau lassen sich die Peptide ausgewählter Proteine detektieren und quantifizieren und somit die Konzentration des Proteins bestimmen. Diese Untersuchungsmethode wird im Labor häufig genutzt. In komplexen Proteomanalysen werden viele Proteine nachgewiesen, die sich unter den jeweiligen experimentellen Bedingungen in ihrer Abundanz deutlich zwischen Probe und Kontrolle verändern. Um diese Veränderung zu verifizieren und in Hypothesen-getriebenen Ansätzen zu überprüfen, wird das QTRAP Massenspektrometer verwendet. In einem weiteren Projekt untersuchen wir die katalytische Aktivität der Clostridium difficile Toxine in vivo. Diese inaktivieren kleine GTPasen durch Glukosylierung an einem Threoninrest. Das entsprechende tryptische Peptid, das diesen Rest abdeckt kann in einem MRM-basierten Ansatz nachgewiesen und quantifiziert werden. Kinetiken und Dosis-Wirkungsbeziehungen konnten so erstmalig für die Aktivität der Toxine in vivo beschrieben werden. In weiteren Arbeiten wird in diesem Projekt die veränderte Signaltransduktion der kleinen glukosylierten GTPasen untersucht. Darüber hinaus wird ein umfangreiches Projekt mit dem kardiologisch äußerst interessanten Protein MYDGF durchgeführt. Dieses Protein ist ein von Blutzellen sezernierter Faktor und liegt bei Patienten nach einem Herzinfarkt in erhöhter Menge im Blut vor. Es hat vermutlich eine positive Funktion auf die Regenration des Herzmuskels. Durch einen spezifischen MRM-Nachweis kann dieses Protein absolut quantifiziert werden. Als interner Standard wird ein Peptide verwendet, dessen Menge bekannt ist und sich nur durch Dotierung mit stabilen schweren Isotopen, also in der Masse, vom endogen vorkommenden Peptid unterscheidet. Damit ist eine Quantifizierung absolut und sehr genau möglich. MYDGF wird im Blut von großen Patientenkohorten und gesunden Probanden gemessen, um weitere Rückschlüsse auf seine Funktion ziehen zu können.
Projektbezogene Publikationen (Auswahl)
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(2014) SUMO modification of TBK1 at the adaptor-binding C-terminal coiledcoil domain contributes to its antiviral activity. Biochim Biophys Acta. 1853, 136-143
Saul VV; Niedenthal R; Pich A; Weber F, Lienhard Schmitz M
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(2014) Time-resolved cellular effects induced by TcdA from Clostridium difficile. Rapid Commun Mass Spectrom. 28, 1089-1100
Jochim N, Gerhard R, Just I, and Pich A
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(2015) Myeloid-derived growth factor (C19orf10) mediates cardiac repair following myocardial infarction. Nat Med. 21, 140-149
Korf-Klingebiel M, Reboll MR, Klede S, Brod T, Pich A, Polten F, Napp CL, Bauersachs J, Ganser A, Brinkmann E, Reimann I, Kempf T, Niessen HW, Mizrahi J, Schönfeld HJ, Iglesias A, Bobadilla M, Wang Y, Wollert KC
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(2015) Proteome alterations of hippocampal cells caused by Clostridium botulinum C3 exoenzyme. J. Proteome Res 14, 4721-4733
Schröder, A, Rohrbeck A, Just I, Pich A
