Gerätekombination für Next-Generation-Sequenzierungen, High-Density Genotypisierungen und Expressionsmessungen
Zusammenfassung der Projektergebnisse
Die moderne Tier- und Pflanzenzucht erfolgt auf genomischer Ebene mit Hilfe von Hoch-Durchsatz-Genotypen und genomweiten Sequenzinformationen. Die beschaffte Gerätekombination wurde von den Fachgebieten Tiergenetik und Züchtung, Nutzpflanzenbiodiversität und Züchtungsinformatik sowie Ernährungsphysiologie der Kulturpflanzen der Universität Hohenheim in unterschiedlichen Projekten für Sequenzierungen und SNP-Chip-Genotypisierungen genutzt. In der Tiergenetik erfolgten SNP-Chip-Genotypisierungen und genomweite Re-Sequenzierungen von Legehennen-, Rinder-, Schaf- (nur Chip-Typisierungen) und Schweine-Genomen, um im Wesentlichen genomweite Assoziationskartierungen für quantitative Merkmale durchzuführen. Weitere SNP-Chip-Genotypisierungen wurden bei Rindergenomen durchgeführt, um unterschiedliche Selektionsmethoden für Populationen mit historischer Migration zu vergleichen. In der Nutzpflanzendiversität und Züchtungsinformatik wurde vorwiegend die Sequenziereinheit verwendet, die das Genotyping-by-Sequencing (GBS) als Methode für die Charakterisierung genetischer Variation zu implementieren und weiterzuentwickeln. Die GBS Methode wurde für populationsgenetische Analysen bei der Douglasie, den Blumenkohl, der Modellpflanze Arabidopsis thaliana, der Gerste und dem Amaranth verwendet. Diese Daten wurden anschliessend verwendet um Zuchtwertschätzungen und Assoziationsstudien durchzuführen. Weitere GBS-Genotypisierungen wurden angewendet, um die genetische Vielfalt in verschiedenen Generationen von Züchtungspopulationen des Mais abzuschätzen und die Sequenzierung von einzelnen Individuen und Pools von Individuen zu vergleichen.
Projektbezogene Publikationen (Auswahl)
- Genetic parameters and signatures of selection in two divergent laying hen lines selected for feather pecking behaviour. Genet. Sel. Evol. (2015) 71, 77
Grams, V., Wellmann, R., Preuß, S., Grashorn, M., Bessei, W., Bennewitz, J.
(Siehe online unter https://doi.org/10.1186/s12711-015-0154-0) - Targeted re-sequencing of five Douglas-fir provenances reveals population structure and putative target genes of positive selection. Tree Genetics and Genomics (2015) 11:816
Müller T., Freund F., Wildhagen H., Schmid K.
(Siehe online unter https://doi.org/10.1007/s11295-014-0816-z) - Linkage mapping of quantitative trait loci for phosphorus utilization and growth related traits in an F2-cross of Japanese quail (Coturnix japonica). Eur. Poult. Sci. (2016) 80
Beck P., Stratz P., Preuß S., Pitel, F. Recoquillay, J. Duval, E., Rodehutscord M., Bennewitz J.
(Siehe online unter https://doi.org/10.1399/eps.2016.133)
