Genome-wide analysis of virus-host interactions in Varizella Zoster Virus (VZV)
Final Report Abstract
Im Rahmen dieses Projektes wurde eine systematische Hefe-2-Hybrid (Y2H) Analyse aller Varizella-Zoster Virus (VZV) Proteine gegen zwei humane Genbanken durchgeführt und 91 hoch-konfidente und 785 niedrig-konfidente zelluläre Interaktionspartner (insgesamt: 876) identifiziert. Eine Validerung der 91 hoch-konfidenten Interaktionen mit Hilfe der eigens für diesen Zweck entwickelten LuMPIS-Technologie konnte 60% der detektierten Interaktionen verifizieren. Durch die Untersuchung des Replikationsverhaltens von VZV nach transientem knock-down zellulärer Proteine mit Hilfe der si-RNA-Technologie, konnten 633 zellulaere Proteine identifiziert werden, die einen Einfluss auf die virale Replikation besitzen. Ein Vergleich dieser Proteine mit den im Y2H-Screen identifizierten zellulären Proteininteraktionspartner von VZV ergab 39 Übereinstimmungen. Nach bakterieller Expression konnten 65 von 71 VZV Proteine (91.5%) mit Hilfe eines N- terminalen His-tags aufgereinigt und für die Herstellung monoklonaler Antikörper (mAK) eingesetzt werden. Auf diesem Wege konnten 218 mAK’s gegen 61 (von 71) VZV- Proteine (86%) hergestellt und charakterisiert werden. Diese mAK’s werden einen wichtigen Beitrag für die molekulare und klinische Grundlagenforschung an VZV leisten.
Publications
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Haase R, Argyros O, Wong S-P, Harbottle RP, Lipps HJ, Ogris M, Magnusson T, Vizoso Pinto MG, Haas J, Baiker A