Genome-wide analysis of virus-host interactions in Varizella Zoster Virus (VZV)
Zusammenfassung der Projektergebnisse
Im Rahmen dieses Projektes wurde eine systematische Hefe-2-Hybrid (Y2H) Analyse aller Varizella-Zoster Virus (VZV) Proteine gegen zwei humane Genbanken durchgeführt und 91 hoch-konfidente und 785 niedrig-konfidente zelluläre Interaktionspartner (insgesamt: 876) identifiziert. Eine Validerung der 91 hoch-konfidenten Interaktionen mit Hilfe der eigens für diesen Zweck entwickelten LuMPIS-Technologie konnte 60% der detektierten Interaktionen verifizieren. Durch die Untersuchung des Replikationsverhaltens von VZV nach transientem knock-down zellulärer Proteine mit Hilfe der si-RNA-Technologie, konnten 633 zellulaere Proteine identifiziert werden, die einen Einfluss auf die virale Replikation besitzen. Ein Vergleich dieser Proteine mit den im Y2H-Screen identifizierten zellulären Proteininteraktionspartner von VZV ergab 39 Übereinstimmungen. Nach bakterieller Expression konnten 65 von 71 VZV Proteine (91.5%) mit Hilfe eines N- terminalen His-tags aufgereinigt und für die Herstellung monoklonaler Antikörper (mAK) eingesetzt werden. Auf diesem Wege konnten 218 mAK’s gegen 61 (von 71) VZV- Proteine (86%) hergestellt und charakterisiert werden. Diese mAK’s werden einen wichtigen Beitrag für die molekulare und klinische Grundlagenforschung an VZV leisten.
Projektbezogene Publikationen (Auswahl)
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(2009). LuMPIS – A modified luminescence-based mammalian interactome mapping pull-down assay for the investigation of protein-protein interactions encoded by GC-low ORFs. Proteomics 9, 1-6
Vizoso Pinto MG, Villegas JM, Peter J, Haase R, Haas J, Lotz AS, Munatu AC, Baiker A
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(2010). Systematic analysis of the IgG antibody immune response against Varicella Zoster virus (VZV) using a self-assmebled protein microarray (NAPPA). Molecular BioSystems,/ 2009
Ceroni A, Sibani S, Baiker A, Pothineni VR, Bailer S, LaBaer J, Haas J, Campbell C
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(2010). A systematic approach for the identification of novel, serologically reactive recombinant Varicella-Zoster Virus (VZV) antigens. Virology Journal 7: 165
Vizoso Pinto MG, Pfrepper KI, Janke T, Noelting C, Sander M, Lueking A, Haas J, Nitschko H, Jaeger G, Baiker A
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(2010). Early detection of Varicella-Zoster Virus (VZV)-specific T-cells before seroconversion in primary varicella infection: case report. Virology Journal 7:54
Baiker A, Haase R, Eberle J, Vizoso Pinto MG, Pfrepper K-I, Petrich A, Deml L, Campe H, Nitschko H, Jaeger G
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(2010). Improving the yeast two-hybrid system with permutated fusion Proteins: the Varicella-Zoster Virus Interactome. Proteome Science 8:8
Stellberger T, Häuser R, Baiker A, Pothineni VR, Haas J, Uetz P
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(2010). pEPito: a significantly improved non-viral episomal expression vector for mammalian cells. BMC Biotechnology 10:20
Haase R, Argyros O, Wong S-P, Harbottle RP, Lipps HJ, Ogris M, Magnusson T, Vizoso Pinto MG, Haas J, Baiker A
