Next generation DNA Sequenzierer
Zusammenfassung der Projektergebnisse
Die Geräte (NG Sequenzierer, Fluidigm, Fluorometer, Bioanalyzer) wurden zur Herstellung von Genkopien (Fluidigm), qualitativen und quantitativen Untersuchung von DNA und RNA, (Fluorometer, Bioanalyzer) und Sequenzierung von Genabschnitten verwendet. Mit dem Fluidigm können sehr zeiteffizient multiple (48) PCRs simultan an 48 Proben durchgeführt werden. Dies bildet eine Grundlage, um Amplicon Sequenzierungen auf NG Sequenzierern mit hohem Durchsatz durchzuführen; dies kann in Zukunft auch mit anderen NGS Technologien kombiniert werden (z.B. Illumina). Fluorometer und Bioanalyzer werden von zahlreichen Arbeitsgruppen eingesetzt, um die DNA und RNA mit Absorptions- und Fluoreszenzmessungen zu quantifizieren und eine Oualitätsüberprüfung durchzuführen. Der Sequenzierer selbst eignet sich aufgrund seiner geringen Reads nicht zur Sequenzierung von großen Genomen. In den bisherigen Projekten haben wir fast ausschließlich Ampliconsequenzierung durchgeführt, also die Sequenzierung von bestimmten Genabschnitten. Die Projekte betreffen den Forschungsbereich Genetik, Evolutionsgenetik, Populationsgenetik, Phylogenie und Metagenomik. Speziell wurden durchgeführt: Detektion von Mikrosatellitenloci bei Rädertieren (Rotatoria); 16s rDNA Sequenzierung bei Bakterien, Genotypisierung bei Pflanzen und Tieren (siehe unten). Die Geräte wurden ebenfalls zur Ausbildung von NachwuchswissenschaftlerInnen eingesetzt, die bei dem vergleichsweise kleinen Sequenzierer, Techniken des „Next generation sequencing“ erlernten und selbständig durchführten. Die sich ergebende Datenmenge (ca. 100 K Reads) ist noch so überschaubar, dass auch ohne weitreichende Bioinformatikkenntnisse damit umgegangen werden kann.
Projektbezogene Publikationen (Auswahl)
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(2013) Timedependent gene expression analysis of the developing superior olivary complex. J Biol Chem. 288:25865-25879
Ehmann H, Hartwich H, Salzig C, Hartmann N, Clement-Ziza M, Ushakov K, Avraham KB, Bininda-Emonds ORP, Hartmann AK, Lange P, Friauf E, Nothwang HG
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(2015) L-type calcium channel Cav1.2 is required for maintenance of auditory brainstem nuclei. [Epub ahead of print] J Biol Chem. jbc.M115.672675
Ebbers L, Satheesh SV, Janz K, Rüttiger L, Blosa M, Hofmann F, Morawski M, Griesemer D, Knipper M, Friauf E, Nothwang HG
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(2015). Genome downsizing promotes diversification after polyploidy in Northern and Southern Hemisphere Veronica (Plantaginaceae). Botanical Journal of the Linnean Society 178: 243-266
Meudt, H. M., B. M. Rojas-Andrés, J. M. Prebble, E. Low, P. J. Garnock-Jones, & D. C. Albach
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(2015). Supratidal extremophiles – cyanobacterial diversity in the rock-pools of the Croatian Adria. Microbial Ecology 70: 876-888
Brandes, M., D. C. Albach, J. C. Vogt, E. Mayland-Quellhorst, G. Mendieta-Leiva, S. Golubic, K. A. Palinska
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(2015). Systematics and biogeography of Veronica subg. Pentasepalae from the Levant. Willdenowia 45: 5-14
Albach, D. C. & M. Al-Gharaibeh
