Zentrales High Performance Compute-Cluster
Zusammenfassung der Projektergebnisse
Der Hochleistungsrechencluster „MOGON“ an der Johannes Gutenberg-Universität in Mainz bildet gemeinsam mit dem Hochleistungsrechencluster „Elwetritsch“ an der TU Kaiserslautern einen virtuellen Landescluster, der von allen wissenschaftlichen Einrichtungen des Landes Rheinland-Pfalz genutzt werden kann. Daraus resultiert eine vielfältige Nutzung des Clusters durch sehr unterschiedliche Fachdisziplinen. Die Möglichkeit der Nutzung des Geräts durch Wissenschaftler der JGU Mainz wird vor allem von den naturwissenschaftlichen Fachbereichen (Physik, Chemie, Biologie, Informatik, Meteorologie, Geologie) wahrgenommen. Darüber hinaus wird der Cluster „MOGON“ durch die TU Kaiserslautern, die HS Koblenz, die FH Mainz, das MPI für Polymerforschung, das Helmholtz-Institut und das DFKI genutzt. Die Nutzung der Cluster in Mainz und Kaiserslautern wird über sog. Nutzungseinheiten (NE) erfasst. 1 NE entspricht dabei der Belegungszeit eines CPU-Kerns für 1.000 Stunden (diese Kennzahl ist bewusst einfach gehalten). Basierend auf dieser Vergleichsgröße wurden im Berichtszeitraum 72,7% der verfügbaren Rechenleistung des Clusters abgerufen. Durch Probleme mit der Klimatechnik kam es zu Ausfällen, die die Gesamtauslastung etwas reduzierten. Rechnen können die Nutzer mit drei verschiedenen maximalen Laufzeiten für Jobs: 5 Stunden, 5 Tage und 30 Tage. Um eine Fragmentierung des Clusters zu vermeiden, ist ein großer Teil des Clusters Rechnungen mit 64 Kernen oder einem Vielfachen davon vorbehalten, denn fast jeder Rechenknoten hat 64 Kerne. Der Rest des Clusters ist für Jobs mit weniger als 64 Kernen gedacht. Der Cluster wurde durch Forschungsgruppen verschiedener Fachbereich genutzt. Der mit Abstand stärkste Fachbereich war die Physik. Die restlichen 25% der genutzten CPU-Stunden entfielen auf die Fachbereiche Chemie, Lebenswissenschaften, Geologie, Meteorologie, Wirtschaftswissenschaften, Informatik, sowie Projekte aus dem Land Rheinland-Pfalz (AHRP).
Projektbezogene Publikationen (Auswahl)
- Mutant MHC class II epitopes drive therapeutic immune responses to cancer, Nature 520, 692-696
Sebastian Kreiter, Matthias Vormehr, Niels van de Roemer, Mustafa Diken, Martin Löwer, Jan Diekmann, Sebastian Boegel, Barbara Schrörs, Fulvia Vascotto, John C. Castle, Arbel D. Tadmor, Stephen P. Schoenberger, Christoph Huber, Özlem Türeci, Ugur Sahin
(Siehe online unter https://doi.org/10.1038/nature14426) - Electronic signature oft he instantaneous asymmetry in the first coordination shell in liquid water, Nature commun. 4, 1450 (2013)
T.D. Kühne and R.Z. Khaliullin
(Siehe online unter https://doi.org/10.1038/ncomms2459) - Galaxy LIMS for next-generation sequencing, Bioinformatics 2013
Scholtalbers J, Rößler J, Sorn P, de Graaf J, Boisguérin V, Castle J, Sahin U
(Siehe online unter https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btt115) - Monolayer curvature stabilizes nanoscale raft domains in mixed lipid bilayers, Proceedings of the National Academy of Science of the United States of America, Vol. 110, Issue 12, Pages 4476-4481 (2013)
Meinhardt, Sebastian; Vink, Richard L. C.; Schmid, Friederike
(Siehe online unter https://doi.org/10.1073/pnas.1221075110) - Determination of the Origin and Magnitude of Logarithmic Finite-Size Effects on Interfacial Tension: Role of Interfacial Fluctuations and Domain Breathing, Phys. Rev. Lett. 112, 125701 (2014)
Schmitz, Fabian; Virnau, Peter; Binder, Kurt
(Siehe online unter https://doi.org/10.1103/PhysRevLett.112.125701) - First-principles investigation of the buil and low-index surfaces of MoSe2, Phys. Rev. B 89, 205301 (2014)
H. Mirhosseini et al.
(Siehe online unter https://doi.org/10.1103/PhysRevB.89.205301) - GPU-accelerated exhaustive search for third-order epistatic interactions in case-control studies, Journal of Computational Science, 8, 2015
Jorge González-Dominguez, Bertil Schmidt
(Siehe online unter https://doi.org/10.1016/j.jocs.2015.04.001) - Lepton Jets from Radiating Dark Matter, JHEP, 07, 2015, 045
Buschmann, Malte; Kopp, Joachim; Liu, Jia; Machado, Pedro A.N.
(Siehe online unter https://doi.org/10.1007/JHEP07(2015)045) - Negative Interfacial Tension in Phase-Separated Active Brownian Particles, Phys. Rev. Lett. 115, 098301 (2015)
J. Bialké, J.T.Siebert; H. Löwen; T. Speck
(Siehe online unter https://doi.org/10.1103/PhysRevLett.115.098301)
