SFB 937: Kollektives Verhalten von weicher und biologischer Materie
Biologie
Zusammenfassung der Projektergebnisse
Lebende Systeme sind strukturell komplex, heterogen und per definitionem außerhalb des thermodynamischen Gleichgewichts. In der Physik der kondensierten Materie beschreibt man das komplexe Verhalten von Vielteilchensystemen sehr erfolgreich mit den Methoden der statistischen Physik. Die Stärke dieses Ansatzes liegt in der Fähigkeit, die kollektive Dynamik großer Systeme mit vielen wechselwirkenden Freiheitsgraden effektiv beschreiben zu können. In den letzten Jahren sind Nichtgleichgewichtssysteme der weichen kondensierten Materie, kurz "aktive Materie", insbesondere wie sie in der Biologie vorkommen, stark in den Fokus des Interesses gerückt. Ein prominentes Beispiel sind die Materialien, aus denen Zellen bestehen. Um zu verstehen, wie eine Zelle funktioniert oder wie ein Organismus sich entwickelt und seine Struktur aufrechterhält, ist eine statistische Beschreibung vonnöten, die aber über die traditionelle Gleichgewichtsphysik hinausgeht. Die schnelle Entwicklung experimenteller Techniken gibt uns heute einen nie dagewesenen Zugang zu physikalischen Eigenschaften von Molekülen, makromolekularen Aggregaten sowie Zellen und Geweben. Vor diesem Hintergrund ist es höchst zeitgemäß, Fragen zur aktiven weichen und biologischen Materialien zu stellen, die über das molekulare Organisationsniveau hinausgehen, und einen integralen experimentellen, numerischen und theoretischen Forschungsansatz zu verfolgen, der kollektive Nichtgleichgewichtsphänomene auf mikroskopischer über mesoskopische zu makroskopischer Skala zu verstehen sucht. Der Sonderforschungsbereich (SFB) 937 zielte auf ein quantitatives Verständnis der physikalischen Mechanismen, die dazu führen, dass sich weiche und biologische Materie in komplexe Strukturen selbst organisiert, die dann dynamische Funktionen ausführen können, wie etwa Zellteilung, Zellbewegung und Gewebeentwicklung. Mit diesem Ziel vor Augen haben wir untersucht, wie Moleküle und Zellen physikalisch interagieren, Kräfte ausüben, viskoelastisch reagieren, sich bewegen und sich in komplexe funktionelle Muster organisieren. Dies geschieht auf allen Längenskalen, von Polymeren, Lipidmembranen über Zellen bis hin zu Geweben. Hier kombinierten wir Physik, Chemie, Biologie und Medizin sowie Theorie, numerische Modelierung und Experiment und verfolgten die Strategie, auf der einen Seite einfache Modellsysteme und auf der anderen Seite ganzen Organismen und Geweben zu untersuchen. Die wichtigsten Errungenschaften des SFB 937 sind (i) die Messung und theoretische Beschreibung von viskoelastischen und hydrodynamischen Eigenschaften von Modellsystemen, die von Polymerbürsten und quervernetzten passiven Netzwerken über aktiv kontrahierende Netzwerken bis hin zu minimalen Zellkortizes reichen, (ii) die Beurteilung der athermischen Zell-Sybstrat Dynamik wähend der Adhösion, dem Wachstum und der Migration, sowie (iii) das kollektive Verhalten von schlagenden Zellen, Biofilmen und sich entwickelnden Drosophila Embryonen. Neben diesen fundamentalen Erkenntnissen haben die Forschungsgruppen neue Modellsysteme zur Untersuchung verschiedener Aspekte kollektiver Phänomene identifiziert und entwickelt. Gleichzeitig wurden Methoden und Werkzeuge, die neue Mikroskopie- und Simulationstechniken umfassen, angepasst und für die Untersuchung dieser Systeme optimiert.
Projektbezogene Publikationen (Auswahl)
-
(2012) Electrodynamic coupling of electric dipole emitters to a fluctuating mode density within a nanocavity. Phys. Rev. Lett. 108(16):163002
Chizhik A, Gregor I, Schleifenbaum F, Müller CB, Röling C, Meixner AJ, Enderlein, J
-
(2012) Force field evolution during human blood platelet activation. J. Cell Sci. 125:3914-3920
Schwarz-Henriques S, Sandmann R, Strate A, Köster S
-
(2013) Actin cytoskeleton of chemotactic amoebae operates close to the onset of oscillations. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 110:3853–3858
Westendorf C, Negrete J, Bae AJ, Sandmann R, Bodenschatz E, Beta C
-
(2013) Nonequilibrium Collective Dynamics in Photoexcited Lipid Multilayers by Time Resolved Diffuse X-Ray Scattering. Phy. Rev. Lett. 111(26):268101
Reusch T, Mai DD, Osterhoff M, Khakhulin D, Wulff M, Salditt T
-
(2013) Nonequilibrium Collective Dynamics in Photoexcited Lipid Multilayers by Time Resolved Diffuse X-Ray Scattering. Phy. Rev. Lett. 111(26):268101
Reusch T, Mai DD, Osterhoff M, Khakhulin D, Wulff M, Salditt T
-
(2013) Quantum Yield Measurement in a Multicolor Chromophore Solution Using a Nanocavity. Nano Lett. 13:1348
Chizhik AI, Gregor I, Enderlein J
-
(2014) A lipid bound actin meshwork organizes liquid phase separation in model membranes. eLife 3:e01671
Honigmann A, Sadeghi S, Keller J. Hell SW, Eggeling C, Vink R
-
(2014) High-resolution mapping of intracellular fluctuations using carbon nanotubes. Science 344(6187):1031 – 1035
Fakhri N, Wessel AD, Willms C, Pasquali M, Klopfenstein DR, MacKintosh FC, Schmidt CF
-
(2014) Metal-induced energy transfer for live cell nanoscopy. Nat. Photonics 8:124-127
Chizhik AI, Rother J, Gregor I, Janshoff A, Enderlein, J
-
(2014) Scale-Dependent Nonaffine Elasticity of Semiflexible Polymer Networks: Phys. Rev. Lett. 112:088101
Atakhorrami M, Koenderink GH, Palierne JF, MacKintosh F, Schmidt CF
-
(2015) Alignment of copolymer morphology by planar step elongation during spinodal self-assembly. Phys. Rev. Lett. 115:228301
Müller M, Tang J
-
(2015) Fluctuation Analysis of Centrosomes Reveals a Cortical Function of Kinesin-1. Biophys J. 109:856:868
Winkler F, Gummalla M, Künneke L, Lv Z, Zippelius A, Aspelmeier T, Grosshans J
-
(2015) Intracellular and extracellular forces drive primary cilia movement: Proc. Natl. Acad. Sci. USA 112(5):1410-1415
Battle C, Ott CM, Burnette DT, Lippincott-Schwartz J, Schmidt CF
-
(2016) Broken detailed balance at mesoscopic scales in active biological systems. Science 352(6285):604-607
Battle C, Broedersz CP, Fakhri N, Geyer VF, Howard J, Schmidt CF, MacKintosh FC
-
(2016) Noisy Oscillations in the Actin Cytoskeleton of Chemotactic Amoeba. Phys. Rev. Lett. 117(14):148102
Negrete J, Pumir A, Hsu HF, Westendorf C, Tarantola M, Beta C, Bodenschatz E
-
(2016) Photoactivation of Luminescent Centers in Single SiO2 Nanoparticles. Nano Lett. 16(7):4312-4316
Tarpani L, Ruhlandt D, Latterini L, Haehnel D, Gregor I, Enderlein J, Chizhik AI
-
(2016) Self-driven jamming in growing microbial populations. Nat. Phys. 12(8):762–766
Delarue M, Hartung J, Schreck C, Gniewek P, Hu L, Herminghaus S, Hallatschek O
-
(2016) Super-Resolution Optical Fluctuation Bio-Imaging with Dual-Color Carbon Nanodots Nano Lett. 16:237-242
Chizhik AM, Stein S, Dekaliuk MO, Battle C, Li W, Huss A, Platen M, Schaap IAT, Gregor I, Demchenko A, Schmidt CF, Enderlein J, Chizhik AI
-
(2016) Transition from a Linear to a Harmonic Potential in Collective Dynamics of a Multifilament Actin Bundle. Phys. Rev. Lett. 116:108102
Schnauß J, Golde T, Schuldt C, Schmidt BUS, Glaser M, Strehle D, Händler T, Heussinger C, Käs JA
-
(2017) Cell-Substrate Dynamics of the Epithelial-to- Mesenchymal Transition. Nano Lett. 17:3320-3326
Baronsky T, Ruhlandt D, Brückner BR, Schäfer J, Karedla N, Isbaner S, Hähnel H, Gregor I, Enderlein J, Janshoff A, Chizhik IA
-
(2017) Envelope glycoprotein mobility on HIV-1 particles depends on the virus maturation state. Nature Comm. 8:545
Chojnacki J, Waithe D, Carravilla P, Huarte N, Galiani S, Enderlein J, Eggeling C
-
(2017) Fast propagation regions cause self-sustained reentry in excitable media. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 114:1281-1286
Zykov V, Krekhov A, Bodenschatz E
-
(2017) Features of Chaotic Transients in Excitable Media Governed by Spiral and Scroll Waves. Phys. Rev. Lett. 119:054101
Lilienkamp T, Christoph J, Parlitz U
-
(2017) Feedback-tracking microrheology in living cells Sci.Adv. 3:e1700318
Nishizawa K, Bremerich M, Ayade H, Schmidt CF, Ariga T, Mizuno D
-
(2017) Nonlinear Loading-Rate-Dependent Force Response of Individual Vimentin Intermediate Filaments to Applied Strain. Phys. Rev. Lett. 118:048101
Block J, Witt H, Candelli A, Peterman EJG, Wuite GJL, Janshoff A, Köster S
-
(2017) Shear force-based genetic screen reveals negative regulators of cell adhesion and protrusive activity. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 114(37):E7727-E7736
Lampert TJ, Kamprad N, Edwards M, Borleis J, Watson AJ, Tarantola M, Devreotes PN
-
(2017) Size and mobility of lipid domains tuned by geometrical constraints. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 114(30): E6064- E6071
Schütte MO, Mey I, Enderlein J, Savic F, Geil B, Janshoff A, Steinem C
-
(2017) Three-Dimensional Reconstruction of Nuclear Envelope Architecture Using Dual-Color Metal-Induced Energy Transfer Imaging. ACS Nano. 11(12):11839-11846
Chizhik AM, Ruhlandt D, Pfaff J, Karedla N, Chizhik AI, Gregor I, Kehlenbach RH, Enderlein J
-
(2017) Variability and Order in Cytoskeletal Dynamics of Motile Amoeboid Cells. Phys. Rev. Lett. 119:148101
Hsu HF, Bodenschatz E, Westendorf C, Gholami A, Pumir A, Tarantola M, Beta C
-
(2018) A ‘molecular guillotine’ reveals the interphase function of Kinesin-5. J. Cell Sci. 131:210583
Lv Z, Rosenbaum J, Aspelmeier T, Großhans J
-
(2018) Adhesion forces and cortical tension couple cell proliferation and differentiation to drive epidermal stratification. Nat. Cell Biol. 20:69-80
Miroshnikova YA, Le HQ, Schneider D, Thalheim T, Rübsam M, Bremicker N, Polleux J, Kamprad Tarantola M, Wang I, Balland M, Niessen CM, Galle J, Wickström SA
-
(2018) Axial Colocalization of Single Molecules with Nanometer Accuracy Using Metal-Induced Energy Transfer. Nano Lett. 18:2516-2622
Isbaner S, Karedla N, Kaminska I, Ruhlandt D, Raab M, Bohlen J, Chizhik A, Gregor I, Tinnefeld P, Enderlein J, Tsukanov R
-
(2018) Correlative microscopy approach for biology using x-ray holography, xray scanning diffraction and STED microscopy. Nat.Commun 9:3641
Marten B, Nicolas JD, Osterhoff M, Mittelstädt H, Reuss M, Harke B, Wittmeier A, Sprung M, Köster S, Salditt T
-
(2018) Curvature-Guided Motility of Microalgae in Geometric Confinement. Phys. Rev. Lett. 120:068002
Ostapenko T, Schwarzendahl FJ, Böddeker TJ, Kreis CT, Cammann J, Mazza MG, Bäumchen O
-
(2018) Dynamics of force generation by spreading platelets. Soft Matter 14:6571
Hanke J, Probs D, Zemel A, Schwarz US, Köster S
-
(2018) Electromechanical vortex filaments during cardiac fibrillation. Nature 555:667-672
Christoph J, M. Chebbok M, Richter C, Schröder-Schetelig J, Bittih P, Stein S, Uzelac I, Fenton F, Hasenfuß G, Gilmour RF Jr, Luther S
-
(2018) Metastable Prepores in Tension-Free Lipid Bilayers. Phys. Rev. Lett. 120:128103
Ting CL, Awasthi N, Müller M, Hub JS
-
(2018) Self-organization of stress patterns drives state transitions in actin cortices. Sci. Adv. 4:eaar2847
Tan TH, Garbi M, Abu-Shah E, Li J, Sharma A, MacKintosh Fc, Keren K, Schmidt Cf, Fakhri N
-
(2018) Terminal Transient Phase of Chaotic Transients. Phys. Rev. Lett. 120:94101
Lilienkamp T, Parlitz U
-
(2018) Viscoelastic properties of vimentin originate from non-equilibrium conformational changes Sci. Adv. 4:eaat1161
Block J, Witt H, Candelli A, Danes JC, Peterman E, Wuite GJL, Janshoff A, Köster S