Nano-HPLC/Ionenfallen-Massenspektrometer
Zusammenfassung der Projektergebnisse
Das Gerät wurde in mehreren Arbeitsgruppen am Medizinischen Proteom-Center erfolgreich für die quantitative Proteomik eingesetzt. So wurden beispielsweise im Rahmen des SFB642 Studien zum olfaktorischen Epithel in der Maus durchgeführt. Die initialen Prozesse der Geruchswahrnehmung erfolgen in der Membran der olfaktorischen Zilien, deren genaue Proteinzusammensetzung bislang nicht bekannt war. Mittels Anreicherung der Zilienmembranen und anschließender LC-MS Analyse konnten viele neue potentielle ziliäre Proteine charakterisiert werden. Auch die olfaktorischen Rezeptoren selbst konnten zum ersten Mal auf Proteinebene nachgewiesen werden. Weitere, noch unveröffentlichte Studien beschäftigen sich mit dem Einfluss einer langfristigen Duftstoffexposition auf das Proteom der 15 Zilien. In Kooperation mit der TU München wurde mittels N-labeling der Einfluss einer Deletion des PEPT-1 Gens in Caenorhabditis elegans untersucht. Es konnten entwicklungsabhängige Unterschiede im Proteom detektiert werden, die durch die PEPT-1 Deletion stark beeinflusst wurden, und es wurde ein Zusammenhang zwischen der durch PEPT-1 vermittelten intestinalen Aminosäurekonzentration und den Signalwegen über TORC1/2 bzw. die unfolded protein response nachgewiesen. Weitere Studien wurden in der Abteilung von Prof. Katrin Marcus durchgeführt. So wurde in einem Projekt der Effekt eines knockdowns des Proteins FE65 untersucht, das ein Interaktionspartner der intrazellulären Domäne des Alzheimer-Precursor-Proteins APP ist und die durch APP vermittelte Signalweiterleitung vom Cytoplasma zum Zellkern beeinflusst. Desweiteren wurde das Gerät erfolgreich für die Charakterisierung von intramuskulären Aggregaten bei Desminopathie eingesetzt. Zudem wurde ein Protokoll für die Aufreinigung von Neuromelanin-Granula aus Hirngewebe entwickelt, und die Proteinzusammensetzung dieser Granula wurde charakterisiert. Die Arbeitsgruppe von Prof. Dr. Lars Leichert beschäftigt sich u. a. mit den Auswirkungen von oxidativem/nitrosativem Stress auf das bakterielle Proteom, speziell mit Änderungen des Redox-Status spezifischer redox-regulierter Proteine. In diesem Zusammenhang wurde eine MS-basierte Methode entwickelt mit der Änderungen im Redox-Status von Proteinen unter verschiedenen Stressbedingungen nachgewiesen werden können. So konnten redox-regulierte Proteine unter nitrosativem Stress identifiziert werden, die in einer nachfolgenden Studie näher biochemisch charakterisiert wurden.
Projektbezogene Publikationen (Auswahl)
- cNEUPRO: novel biomarkers for neurodegenerative Diseases. Int. J. Alzheimer Dis. 2010 Sep 1
Spitzer, P., Klafki, H., Blennow, K., Buée, L., Esselmann, H., Herukka, S.K., Jimenez, C., Klivenyi, P., Lewczuk, P., Maler, J.M., Marcus, K., Meyer, H.E., Morris, C.M., Mueller, T., Otto, M., Parnetti, L., Soininen, H., Schraen-Maschke, S., Teunissen, C., Vecsei, L., Zetterberg, H., Wiltfang, J.G.
- (2012) Quantitative redox proteomics: the NOxICAT method. Methods Mol Biol, 893:387-403
Lindemann C, Leichert LI
- (2012): Dynamic changes of the Caenorhabditis elegans proteome during ontogenesis assessed by quantitative analysis with 15N metabolic labeling. J Proteome Res 11 (9), 4594-4604
Geillinger KE, Kuhlmann K, Eisenacher M, Meyer HE, Daniel H, Spanier B
- (2012): Influence of Tryptophan Contained in 1-Methyl-tryptophan on Antimicrobial and Immunoregulatory Functions of Indoleamine 2,3-dioxygenase. PLoS ONE, 2012;7(9):e44797
Schmidt S, Siepmann S, Kuhlmann K, Meyer HE, Metzger S, Pudelko S, Leineweber M, Däubener W
- (2013) Redox proteomics uncovers peroxynitrite-sensitive proteins that help Escherichia coli to overcome nitrosative stress. J Biol Chem, 288(27):19698-714
Lindemann C, Lupilova N, Müller A, Warscheid B, Meyer HE, Kuhlmann K, Eisenacher M, Leichert LI
- A combined laser microdissection and mass spectrometry approach reveals new disease relevant proteins accumulating in aggregates of filaminopathy patients. Mol Cell Proteomics, 2013
Kley R.A., Maerkens A., Leber Y., Theiss V., Schreiner A., van der Ven P.F., Uszkoreit J., Stephan C., Eulitz S., Euler N., Kirschner J., Mueller K., Meyer H.E., Tegenthoff M., Fuerst D.O., Vorgerd M., Marcus K., Mueller T.
- Combined enrichment of neuromelanin granules and synaptosomes from human substantia nigra pars compacta tissue for proteomic analysis. J Proteomics. 2013 Dec 6;94:202-6
Plum S, Helling S, Theiss C, Leite RE, May C, Jacob-Filho W, Eisenacher M, Kuhlmann K, Meyer HE, Riederer P, Grinberg LT, Gerlach M, Marcus K
- Differential proteomic analysis of abnormal intramyoplasmic aggregates in desminopathy. J Proteomics, 2013 Apr 30
Maerkens A., Kley R. A., Olivé M., Theis V., van der Ven P. F. , Reimann J., Milting H., Schreiner A., Uszkoreit J., Eisenacher M., Barkovits K., Güttsches A.K., Tonillo J., Kuhlmann K., Meyer H.E., Schröder R., Tegenthoff M., Fürst D.O., Müller T., Goldfarb L.G., Vorgerd M., Marcus K.
- Distinct ubiquitination cascades act on the peroxisomal targeting signal type 2 co-receptor Pex18p. Traffic, 2013 Dec 14
El Magraoui F., Brinkmeier R., Schrötter A., Girzalsky W., Müller T., Marcus K., Meyer H.E., Erdmann R., Platta H.W.
- FE65 regulates and interacts with the Bloom syndrome protein in dynamic nuclear spheres - potential relevance to Alzheimer’s disease. J. Cell Sci., 2013
Schroetter, A., Mastalski, T., Nensa, F.M., Neumann, M., Loosse, C., Pfeiffer, K., El Magraoui, F., Platta, H.W., Erdmann, R., Theiss, C., Uszkoreit, J., Eisenacher, M., Meyer, H.E., Marcus, K., Mueller, T.
- Identification and characterization of two distinct PPP1R2 isoforms in human spermatozoa. BMC Cell Biology 2013, 14:15
Korrodi-Gregório L., Ferreira M., Vintém P., Wu W., Müller T., Marcus K., Vijayaraghavan S., Brautigan D., da Cruz e Silva O., Fardilha M., da Cruz e Silva E.
- Not so Pseudo: Evolutionary Inference Suggests that Protein Phosphatase 1 Regulatory Subunit 2 Related Pseudogenes have Biological Functions. BMC Evol Biol. 2013, 13(1)
Korrodi-Gregorio, L., Abrantes, J., Muller, T., Melo-Ferreira, J., Marcus, K., da Cruz e Silva, O., Fardilha, M., Esteves, P
- Oxidative stress-induced posttranslational modifications of alpha-synuclein: specific modification of alpha-synuclein by 4-hydroxy-2-nonenal increases dopaminergic toxicity. Mol Cell Neurosci. 2013 May;54:71-83
Xiang W1, Schlachetzki JC, Helling S, Bussmann JC, Berlinghof M, Schäffer TE, Marcus K, Winkler J, Klucken J, Becker CM
- (2014): The Membrane Proteome of Sensory Cilia to the Depth of Olfactory Receptors. Mol Cell Proteomics, mcp.M113.035378
Kuhlmann K, Tschapek A, Wiese H, Eisenacher M, Meyer HE, Hatt HH, Oeljeklaus S, Warscheid B
(Siehe online unter https://doi.org/10.1074/mcp.M113.035378) - Intestinal amino acid availability via PEPT-1 affects TORC1/2 signaling and the unfolded protein response. J Proteome Res. 2014 Jul 7 [Epub ahead of print]
Geillinger KE, Kuhlmann K, Eisenacher M, Giesbertz P, Meyer HE, Daniel H, Spanier B
(Siehe online unter https://doi.org/10.1021/pr5002669)
