Genomsequenziergerät

• Fachliche Zuordnung: Grundlagen der Biologie und Medizin
• Förderung: Förderung in 2010
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 162388084

• Erstellungsjahr: 2016

Zusammenfassung der Projektergebnisse

Das Gerät wurde insbesondere für Forschungsprojekte innerhalb des SFB 1074 (Experimental Models and Clinical Translation in Leukemia) eingesetzt. In dem SFB steht die molekulare Charakterisierung der akuten myeloischen Leukämie (AML), der kindlichen akuten lymphatischen Leukämie (ALL) und der chronisch lymphatischen Leukämie (CLL) im Vordergrund. Dabei wurden sowohl Mutationen der genannten Leukämien auf DNA Ebene durch den geförderten Illumina Sequenzierer identifiziert und zum Teil mit klinischen Verläufen korreliert als auch Genexpressionsprofile mittels RNA-Seq in experimentellen murinen Leukämiemodellen bestimmt. Diese Expressionsanalysen wurden zudem auf nicht-kodierende RNAs ausgeweitet: so konnten von funktionell validierten leukämischen Stammzellen im Vergleich zu gesunden hämatopoetischen Stammzellen micro-RNA Signaturen erstellt werden, die in den leukämischen Stammzellen im Vergleich zu gesunden Zellen stark angereichert sind. Weiterhin wird das Gerät zunehmend im Bereich der Alterungsforschung (CEMMA Graduiertenkolleg) und in der Stressforschung genutzt, z.B. um den Effekt von chronischem Stress auf das Transkriptom hämatopoetischer Stammzellen zu untersuchen.

Projektbezogene Publikationen (Auswahl)

• (2013). Telomere length in mantle cell lymphoma. Blood.121:1184-7
  Jebaraj, B.M., Kienle, D., Lechel, A., Mertens, D., Heuberger, M., Ott, G., Rosenwald, A., Barth, T.F., Möller, P., Zenz, T., Döhner, H., Stilgenbauer, S.
  
• (2014). Gene mutations and treatment outcome in chronic lymphocytic leukemia: results from the CLL8 trial. Blood. 123(21):3247-3254
  Stilgenbauer, S., Schnaiter, A., Paschka, P., Zenz, T., Rossi, M., Döhner, K., Buhler, A., Bottcher, S., Ritgen, M., Kneba, M., Winkler, D., Tausch, E., Hoth, P., Edelmann, J., Mertens, D., Bullinger, L., Bergmann, M., Kless, S., Mack, S., Jager, U., Patten, N., Wu, L., Wenger, M.K., Fingerle- Rowson, G., Lichter, P., Cazzola, M., Wendtner, C.M., Fink, A.M., Fischer, K. Busch, R., Hallek, M., Döhner, H.
  
• (2014). Resistance mechanisms for the Bruton's tyrosine kinase inhibitor ibrutinib. N Engl J Med. 370(24):2286-2294
  Woyach, J. A., Furman, R.R., Liu, T.M., Ozer, H.G., Zapatka, M., Ruppert, A.S., Xue, L., Li, D.H., Steggerda, S.M., Versele, M., Dave, S.S., Zhang, J., Yilmaz, A.S., Jaglowski, S.M., Blum, K.A., Lozanski, A., Lozanski, G., James, D.F., Barrientos, J.C., Lichter, P., Stilgenbauer, S., Buggy, J.J., Chang, B.Y., Johnson, A.J., Byrd, J.C.
  
• (2015). MicroRNA-223 dose levels fine tune proliferation and differentiation in human cord blood progenitors and acute myeloid leukemia. Exp Hematol. 43(10):858-868
  Gentner, B., Pochert, N., Rouhi, A., Boccalatte, F., Plati, T., Berg, T., Sun, S.M., Mah, S.M., Mirkovic-Hösle, M., Ruschmann, J., Muranyi, A., Leierseder, S., Argiropoulos, B., Starczynowski, D.T., Karsan, A., Heuser, M., Hogge, D., Camargo, F.D., Engelhardt, S., Döhner, H., Buske, C., Jongen-Lavrencic, M., Naldini, L., Humphries, R.K., Kuchenbauer, F.
  
• (2015). Mutations driving CLL and their evolution in progression and relapse. Nature. 526:525–30
  Landau, D.A., Tausch, E., Taylor-Weiner, A.N., Stewart, C., Reiter, J.G., Bahlo, J., Kluth, S., Bozic, I., Lawrence, M., Böttcher, S., Carter, S.L., Cibulskis, K., Mertens, D., Sougnez, C.L., Rosenberg, M., Hess, J.M., Edelmann, J., Kless, S., Kneba, M., Ritgen, M., Fink, A., Fischer, K., Gabriel, S., Lander, E.S., Nowak, M.A., Döhner, H., Hallek, M., Neuberg, D., Getz, G. , Stilgenbauer, S., Wu, C.J.
  
• (2016) DNA methylation dynamics during B cell maturation underlie a continuum of disease phenotypes in chronic lymphocytic leukemia. Nat Genet.;48(3):253-64
  Oakes, C., Seifert, M., Assenov, Y., Gu, L., Przekopowitz, M., Ruppert, A., Wang, Q., Imbusch, C.D., Serva, A., Koser, S.D., Brocks, D., Lipka, D., Bogatyrova, O., Weichenhan, D., Brors, B., Rassenti, L., Kipps, T.J., Mertens, D., Zapatka, M., Lichter, P., Döhner, H., Küppers, R., Zenz, T., Stilgenbauer, S., Byrd, J.C., Plass, C.
  
• (2016). Distinct Patterning and Dynamics of Epigenetic and Genetic Heterogeneity in AML. Nat Med. 22:792-9
  Li, S., Garrett-Bakelman, F.E., Chung, S.S., Sanders, M.A., Hricik, T., Rapaport, F., Patel, J., Dillon, R., Vijay, P., Brown, A.L., Perl, A.E., Cannon, J., Bullinger, L., Luger, S., Becker, M., Lewis, I.D., Bik To, L., Delwel, R., Löwenberg, B., Döhner, H., Döhner, K., Guzman, M., Hassane, D., Roboz, G., Grimwade, D., Valk, P.J.M., D'Andrea, R.J., Carroll, M., Park, C.Y., Neuberg, D., Levine, R., Melnick, A.M., Mason, C.E.
  
• (2016). Genomic classification and prognosis in acute myeloid leukemia. N Engl J Med. 374:2209-21
  Papaemmanuil, E., Gerstung, M., Bullinger, L., Gaidzik, V.I., Paschka, P., Roberts, N., Potter, N.E., Heuser, M., Thol, F., Bolli, N., Gundem, G., Van Loo, P., Martincorena, I., Ganly, P., Mudie, L., McLaren, S., O’Meara, S., Raine, K., Jones, D.R., Teague, J.W., Butler, A.P., Greaves, M.F., Ganser, A., Döhner, K., Schlenk, R.F., Döhner, H., Campbell, P.J.
  
• (2016). GiANT: gene set uncertainty in enrichment analysis. Bioinformatics. Jun 15;32(12):1891-4
  Schmid, F., Schmid, M., Müssel, C., Sträng, J.E., Buske, C., Bullinger, L., Kraus, J.M., Kestler, H.A.
  
• (2016). GPR56 contributes to the development of acute myeloid leukemia in mice. Leukemia. 30(8):1734-41
  Daria, D., Kirsten, N., Muranyi, A., Mulaw, M., Ihme, S., Kechter, A., Hollnagel, M., Bullinger, L., Döhner, K., Döhner, H., Feuring-Buske, M. and Buske, C.
  
• (2016). MEIS2 Is an Oncogenic Partner in AML1-ETO-Positive AML. Cell Rep. 16, 498-507
  Vegi, N., Klappacher, J., Oswald, F., Mulaw, M.A., Mandoli, A., Thiel, V.N., Bamezai, S., Feder, K., Martens, J.H., Rawat, V.P., Mandal, T., Quintanilla-Martinez, L., Spiekermann, K., Hiddemann, W., Döhner, K., Döhner, H., Stunnenberg, H.G., Feuring-Buske, M. and Buske, C.