gene expression analyser
Zusammenfassung der Projektergebnisse
Der lllumina iScan wurde in der Abteilung Genomics & lmmunoregulation am LIMES-Institut der Universität Bonn für die Durchführung von Transkriptom-Analysen beschafft und verwendet. Die Arbeitsgruppe Genomics & lmmunoregulation (Leitung Prof. Dr. Joachim L. Schultze) verwendet das Gerät für eigene Projekte im Rahmen der Charakterisierung von humanen und murinen T -Zell Populationen und zur Charakterisierung von myeloiden Zellpopulationen mit einem Schwerpunkt auf Makrophagen. Im Rahmen mehrerer Forschungsverbünde wie dem SFB 704 "Molekulare Mechanismen und chemische Modulation der lokalen lmmunregulation", dem SFB 645 "Regulation and manipulation of information flow within dynamic protein and Iipid environments", dem SFB 832 .Molecular basis and modulation of cellular interactions in the tumour microenvironment", dem Exzellenzcluster lmmunoSensation-the immune sensory system, sowie den EU Projekten Marie Curie Initial Training Network: Tumour lnfiltrating Myeloid Cell Compartment (TIMCC) und euriPFnet - wird das Gerät zur Durchführung von Kooperationen im Bereich Transkriptom-Analyse benutzt. Darüber hinaus wurden in Kooperationsprojekten mit lokalen, nationalen und internationalen Partnern Projekte durchgeführt. Hierbei fungiert die Abteilung Genomics & lmmunoregulation nicht im Sinne einer Core Facility sondern immer als Kooperationspartner. Neben der eigentlichen experimentellen Analytik mit Hilfe des lllumina iScan wird in diesen Kooperationen auch die bioinformatische Analytik durch die Abteilung Genomics & lmmunoregulation durchgeführt
Projektbezogene Publikationen (Auswahl)
- Bead array- based microrna expression profiling of peripheral blood and the impact of different RNA rsolatron approaches.
J Mol Diagn. 2010 May;12(3):335-44.
Gaarz A., Oebey-Pascher S., Classen S., Eggle D., Gathof B., Chen J., Fan J.B., Voss T., Schultze J.L., Staratschek-Jox A.
(Siehe online unter https://doi.org/10.2353/jmoldx.2010.090116) - Comparative approach to define increased regulatory T cells in different cancer subtypes by combined assessment of CD127 and FOXP3. Clinical and Developmental Immunology, Vol. 2011. 2011, Article ID 734036.
Beyer M., Glassen S., Endl E., Kochanek M., Weihrauch M.R., Debey-Pascher S., Knolle P.A., Schultze J.L.
(Siehe online unter https://dx.doi.org/10.1155/2011/734036) - RNA-stabilized whole blood samples but not peripheral blood mononuclear cells can be.stored for prolonged time periods prior to transcriptarne analysis. Journal of Molecular Diagnostics, Vol. 13. 2011, Issue 4, pp. 452-460.
Debey-Pascher S., Hofmann A., Kreusch F., Schuler G., Schuler-Thurner B., Schultze J.L., Staratschek-Jox A.
(Siehe online unter https://doi.org/10.1016/j.jmoldx.2011.03.006) - Expression of a neuroendocrine gene signature in gastric tumor cells from CEA 424-SV40 large T antigen-transgenic mice depends on SV40 large T antigen. PloS One, Vol. 7. 2012, Issue 1: e29846.
Ihler F., Vetter E.V., Pan J., Kammerer R., Debey-Pascher S., Schultze J.L., Zimmermann W., Enders G.
(Siehe online unter https://doi.org/10.1371/journal.pone.0029846) - FOXP3 and FOXP3- 16. regulated microRNAs suppress SATB1 in breast cancer cells. Oncogene, Vol. 31. 2012, Issue 8, pp. 1045–1054.
Mclnnes N., Sadlon T. J., Brown C.Y., Pederson S., Beyer M., Schultze J.L., McColl S., Goodall G.J., Barry S.C.
(Siehe online unter https://dx.doi.org/10.1038/onc.2011.293) - Keratin 1 maintains skin integrity and participates in an:
inflammatQIY_ network in skin through interleukin-18.
Journal of Cell Science, Vol. 125. 2012, no. 22, pp. 5269-5279.
Roth W., Kumar V., Beer H.D., Richter M., Wohlenberg C., Reuter U., Thiering S., Staratschek-Jox A., Hofmann A., Kreusch F., Schultze J.L., Vogl T., Roth J., Reicheil J., Hausser I., Magin T.M.
(Siehe online unter https://doi.org/10.1242/jcs.116574) - Regulatory dendritic cells: there is more than just immune activation. Frontiers in lmmunology, Vol. 3. 2012: 274.
Schmidt S.V., Nino-Castro A.C., Schultze J.L.
(Siehe online unter https://doi.org/10.3389/fimmu.2012.00274) - lntrahepatic IL-8 producing Foxp3(+)CD4(+) regulatory T cells AND fibrogenesis in chronic hepatitis C. Journal of Hepatology, Vol. 59. 2013, Issue 2, pp. 229-235.
Langhans B., Kramer B., Louis M., Nischalke H.O., Honeburg R., Staratschek-Jox A., Odenthai M., Manekeller S., Schepke M., Kalff J., Fischer H.P., Schultze J.L., Spengler U.
(Siehe online unter https://doi.org/10.1016/j.jhep.2013.04.011) - Selective loss of noradrenaline exacerbates early cognitive dysfunction and synaptic deficits in APP/PS1 mice. Biological Psychiatry, Vol. 73. 2013, Issue 5, pp. 454-463.
Hammerschmidt T., Kummer M.P., Terwel D., Martinez A., Gorji A., Pape H.C., Rommelfanger K.S., Schroeder J.P., Stoll M., Schultze J., Weinshenker D., Heneka M.T.
(Siehe online unter https://doi.org/10.1016/j.biopsych.2012.06.013) - X-linked dystonia parkinsonism syndrome (XDP, lubag): disease-specific sequence change DSC3 in TAF1/DYT3 affects genes in vesicular Iransport and dopamine metabolism. Human Molecular Genetics, Vol. 22. 2013, Issue 5, pp. 941–951.
Herzfeld T., Nolte D., Grznarova M., Hofmann A., Schultze J.L., Müller U.
(Siehe online unter https://doi.org/10.1093/hmg/dds499)
