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Institution

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Julius-Maximilians-Universität Würzburg
Biozentrum der Universität Würzburg
Lehrstuhl für Bioinformatik

Adresse Am Hubland
97074 Würzburg
Deutschland

GERiT Diese Institution in GERiT

97074 Würzburg

Projekte

Sachbeihilfen
- laufende Projekte
  - Alternatives Spleißen der CD19 mRNA in pädiatrischer Leukämie und CART-19-Therapieresistenz - Regulatoren, genetische Varianten und kryptische Isoformen
    (Antragstellerinnen / Antragsteller König, Ph.D., Julian ; Legewie, Stefan ; Zarnack, Katharina )
  - Analyse neuronaler Veränderungen beim Übergang zwischen reproduktivem Lebenszyklus und Dauer-Stadium in C. elegans
    (Antragsteller Dandekar, Thomas ; Kollmannsberger, Philip ; Stigloher, Christian )
  - Kombinierte experimentelle und bioinformatische Untersuchungen zur Funktionen des RNA-bindenden Proteins PURA und seiner Rolle bei der neuronalen Entwicklungsstörung PURA-Syndrom
    (Antragstellerinnen / Antragsteller Niessing, Dierk ; Zarnack, Katharina )
- abgeschlossene Projekte
Schwerpunktprogramme
- abgeschlossene Projekte
  - Die Analyse von Membran-Signalnetzwerken bezüglich Bindung und de novo Assemblierung von Aktin in latex bead - und mykobakteriellen Phagosomen
    (Antragsteller Dandekar, Thomas )
  - Funktionelle Genomik und strukturbiologische Untersuchungen zur mRNP-Assemblierung an der 3' Spleißstelle
    (Antragsteller König, Ph.D., Julian ; Sattler, Michael )
  - Host adapted metabolism in bacterial infections: Data integration and refined metabolic modelling
    (Antragsteller Dandekar, Thomas )
  - Mechanistische und funktionelle Charaterisierung des Makorin 1 mRNPs
    (Antragstellerinnen / Antragsteller König, Ph.D., Julian ; Roignant, Jean-Yves ; Zarnack, Katharina )
  - Metabolism of intracellular Salmonella enterica: One liefstyle in intracellular infections
    (Antragsteller Dandekar, Thomas ; Hensel, Michael )
  - Modeling metabolism in intracellular infections comparing Salmonella and Listeria
    (Antragsteller Dandekar, Thomas )
  - Stoffwechselwegvorhersagen mittels Genomanalyse und Enzymkettenmodellierung
    (Antragsteller Bork, Peer )
  - The evolution of actin nucleation - understanding the history of the players
    (Antragsteller Schultz, Jörg )
Forschungsgruppen
- abgeschlossene Projekte
  - Entschlüsselung des molekularen Codes der Protein-RNA-Bindung während der mRNA-Lokalisation
    (Antragstellerin Zarnack, Katharina )
  - FOR 2333: Makromolekulare Komplexe in der mRNA Lokalisation
    (Sprecher Niessing, Dierk )
  - Kombination von transkriptomweiten und strukturbiologischen Ansätzen zur Untersuchung der SHE-Bindung an RNA-Lokalisationselement in der Bäckerhefe
    (Antragstellerinnen / Antragsteller König, Ph.D., Julian ; Niessing, Dierk ; Zarnack, Katharina )
Sonderforschungsbereiche
- laufende Projekte
  - Datenmanagement-Plattform zur Förderung der Datenintegration und der in-silico Identifizierung von Entscheidungspunkten bei Infektionen
    (Teilprojektleiter Dandekar, Thomas )
  - Ursachen und Folgen der intrinsischen Genominstabilität in verschiedenen menschlichen Zelltypen
    (Teilprojektleiterinnen / Teilprojektleiter Roukos, Vassilis ; Zarnack, Katharina )
- abgeschlossene Projekte
  - Aufklärung der regulativen Mechanismen alternativer Polyadenylierung und Zellkern-Akkumulation von mRNAs durch SR-Proteine
    (Teilprojektleiterinnen Müller-McNicoll, Michaela ; Zarnack, Katharina )
  - Metabolische und bioinformatorische Analyse von Wirkstoffeffekten auf zelluläre Netzwerke am Beispiel von Candida albicans
    (Teilprojektleiter Dandekar, Thomas ; Unger, Matthias )
  - Thiol-dependent redox networks as targets of antimalarial agents
    (Teilprojektleiter Dandekar, Thomas ; Schirmer, Heiner )
  - Vergleichende Modellierung von Signalwegen im Thrombozyten
    (Teilprojektleiter Dandekar, Thomas )
WBP Rückkehrstipendium
- abgeschlossene Projekte
  - Rückkehrstipendium
    (Antragsteller Neuberger, Arthur )
Transregios
- laufende Projekte
  - Datenintegrationsplattform und systemmedizinische Methoden zur Unterstützung der GvL und GvHD Forschung
    (Teilprojektleiterinnen / Teilprojektleiter Dandekar, Thomas ; Holler, Ernst ; Kehr, Birte ; Kunz, Meik )
  - Die Rolle der arcRNAs bei der Spleißreaktion auf Hypoxie
    (Teilprojektleiterinnen Müller-McNicoll, Michaela ; Zarnack, Katharina )
  - Evolution der Virulenz von Pilzen und der Wirtsantwort im Vergleich von Candida, Lichtheimia und Aspergillus spp.
    (Teilprojektleiter Dandekar, Thomas ; Schuster, Stefan )
  - Wirt-Pathogen-Interaktionen, die Netzwerke von Infektionssignalen in Aspergillus fumigatus, Candida albicans und menschlichen Immunzellen auslösen
    (Teilprojektleiter Dandekar, Thomas ; Dittrich, Marcus ; Kaleta, Christoph )
- abgeschlossene Projekte
  - Analyse von Protein-RNA-Interaktionen in der Biogenese und Funktion von circRNAs
    (Teilprojektleiterinnen Dimmeler, Stefanie ; Zarnack, Katharina )
  - Bioinformatical analysis and metabolic modelling of growth phase-related changes in staphylococci
    (Teilprojektleiter Dandekar, Thomas )
  - Eine integrierte Datenplattform für die Anpassungsvorgänge von Staphylococcus aureus
    (Teilprojektleiterinnen / Teilprojektleiter Bernhardt, Jörg ; Dandekar, Thomas ; Mäder, Ulrike )
  - Eine systembiologische Untersuchung der metabolischen und regulatorischen Anpassung von Staphylococcus aureus an infektionsähnliche Bedingungen
    (Teilprojektleiter Dandekar, Thomas ; Fuchs, Stephan ; Pané-Farré, Jan ; Völker, Uwe )
  - INF – The Virtual Platelet Platform ViPP: Ein Datenarchiv und eine Werkbank für Bilder und Daten der Systembiologie
    (Teilprojektleiterinnen / Teilprojektleiter Dandekar, Thomas ; Heinze, Katrin G. )
  - Platelet Proteomics Platform (PPP): Kombination von Proteomik, Phosphoproteomik, Lipidomik und Bioinformatik
    (Teilprojektleiter Ahrends, Ph.D., Robert ; Dandekar, Thomas ; Lämmerhofer, Michael ; Sickmann, Albert )
Graduiertenkollegs
- laufende Projekte
  - GRK 2157: 3D Gewebemodelle zur Untersuchung von mikrobiellen Infektionen durch Pathogene des Menschen
    (Sprecher Rudel, Thomas )
- abgeschlossene Projekte
  - GRK 300: Pathogene Mikroorganismen: Molekulare Mechanismen und Genome
    (Sprecherin Clayton, Christine Elizabeth )

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