Chip-basierte DNA- und RNA-Analyse Plattform
Final Report Abstract
"Systembiologie der cyanobakteriellen Photosynthese" Prof. Wolfgang Hess Institut Biologie III: Die gewonnenen Sequenzdaten dienen dem Einsatz in der funktionellen und komparativen Genomanalyse von Cyanobakterien und der Integration dieser Daten in Konzepte der Systembiologie und Synthetischen Biologie mit dem Ziel der Nutzbarmachung dieser Organismengruppe zur Herstellung von Wertstoffen sowie Bio-Kraftstoffen der 3. Generation durch metabolic engineering. "Genome and Systems Biology of Physcomitrella patens" PD Dr. Stefan Rensing: We are interested in the evolution of plants sensu lato - i.e., the photosynthetic eukaryotes. A main focus is on the genome of the moss, Physcomitrella patens. Methods encompass molecular phylogeny, phylogenomics and comparative genomics. In terms of systems biology we are interested in gene regulatory networks. "Evolutionär konservierte Pou5f1-abhängige Transkriptionsnetzwerke in der Kontrolle von Stammzelleigenschaften und Differenzierung im Embryo" Dr. Daria Onichtchouk und Prof. Wolfgang Driever, Institut Biologie I: Im Rahmen dieses Projektes wurden ChIP-Seq Daten für die Transkriptionsfaktoren Pou5f1 und Sox2 während früher Embryonalstadien des Zebrafisches erhoben. Ein zentrales Ziel dieses Projektes ist die Modellierung von Transkriptionsnetzwerken, die an der Steuerung von Stammzelleigenschaften beteiligt sind. Zur funktionalen Charakterisierung werden durch Gain-of-Function und Loss-of-Function Experimente die Bedeutung zentraler Regulationsknoten ("nodes") für die Stammzellentwicklung und Differenzierung untersucht. "Molekulare Netzwerke in der Regulation der Entwicklung dopaminerger Neurone im Zebrafisch" Prof. Wolfgang Driever, Institut Biologie I: In diesem Projekt wurden Transkriptionsnetzwerke identifiziert, die zur Bildung und Differenzierung anatomisch definierter Gruppen dopaminerger Neurone beitragen. Dazu wurden durch FACS- Sortierung oder Laser-Microdissection dopaminerge Neurone isoliert und die Transkriptome durch RNA-Seq Analyse untersucht. Die Ergebnisse sollen zu neuen Ansätzen der gerichteten Differenzierung von dopaminergen Neuronen aus Vorläufer- oder Stammzellen führen.
Publications
- Zebrafish (Danio rerio) catecholaminergic neuron RNA-seq based transcript profiles
Manoli, M., Carninci, P., Driever, W.
- (2010) A new chlorophyll dcontaining cyanobacterium: Evidence for niche adaptation in the genus Acaryochloris. ISME J. (Nature Publishing Group) 4, 1456–1469
Mohr R., Voß B., Schliep M., Kurz T., Maldener I., Adams D.G., Larkum A.D.W., Chen M., Hess W.R.
(See online at https://doi.org/10.1038/ismej.2010.67) - (2012) Dinitrogen fixation in a unicellular chlorophyll d-containing cyanobacterium. ISME J. (Nature Publishing Group) 6, 367-77
Pfreundt U., Stal L.J., Voß B., Hess W.R.
(See online at https://doi.org/10.1038/ismej.2011.199) - (2012) Microevolution in cyanobacteria: Re-sequencing the 'Moscow' wildtype of Synechocystis sp. PCC6803. DNA Res. 2012 Oct 15
Trautmann D., Voß B., Al-Babili S., Hess W.R.
(See online at https://dx.doi.org/10.1093%2Fdnares%2Fdss024) - (2012). Fluorescence-Activated Cell Sorting (FACS) of Fluorescently Tagged Cells from Zebrafish Larvae for RNA Isolation. Cold Spring Harbor Protocols 2012
Manoli, M., and Driever, W.
(See online at https://doi.org/10.1101/pdb.prot069633)
