Computational studies of alternating access mechanisms in sodium-dependent secondary transporters (P08)

• Subject Area: Biophysics
• Term: from 2008 to 2012
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 57566863

Der Alternating Access Mechanismus ist grundlegend für das Verständnis der Funktion von Membrantransportern. Eine Schlüsselrolle spielt dabei der Zusammenhang zwischen invertiert wiederkehrenden Strukturmotiven dieser Proteine und ihrer Fähigkeit multiple Konformationen einnehmen zu können. Basierend auf dieser Beobachtung sollen die alternierenden Zustände von drei Natrium abhängigen Sekundärtransportern (LeuT, NhaA and BetP) unter Zugrundelegung der experimentellen Daten in einem rechentechnisch vollkommen neuen Ansatz modelliert werden. Die ständigen Fortschritte in der Strukturauflösung dieser drei Transporter erlauben die Anwendung von dynamischen Simulationsrechnungen, um die transportbedingten strukturellen Änderungen und ihren Einfluss auf die Regulation der Transporter zu charakterisieren.

• DFG Programme: Collaborative Research Centres
• Subproject of: SFB 807: Transport and Communication across Biological Membrans
• Applicant Institution: Goethe-Universität Frankfurt am Main
• Co-Applicant Institution: Max-Planck-Institut für Biophysik
• Project Head: Dr. Lucy Forrest