Kapillarsequenzierer
Final Report Abstract
Das Gerät wird im Kontext von insgesamt acht größeren, mehrheitlich drittmittelgeförderten Projekten eingesetzt. Darüber hinaus wurde es im Rahmen diverser kleinerer Projekte genutzt. Die wichtigsten Projekte werden im Folgenden kurz geschildert. 1. Molekulargenetische Charakterisierung von chromosomalen Bereichen mit Einfluss auf den Geburtsverlauf beim Rind. Das Ziel dieses DFG-geförderten Projektes war die Kartierung von Genorten mit einem Einfluss auf die Häufigkeit von Tot- und Schwergeburten beim Rind. Im Rahmen dieses Vorhabens wurde das Gerät im Wesentlichen während der letzten Projektphase zur vergleichenden Sequenzierung funktioneller und positioneller Kandidatengene genutzt. 2. FUGATO HeDiPig. Dieses BMBF-geförderte Projekt verfolgte u.a. das Ziel, mehrere in vorangegangenen Studien kartierte quantitative Merkmalsgenorte (quantitative trail loci, QTL) für das Auftreten des Spreizer-Syndroms bei Saugferkeln feinzukartieren und mögliche Kandidatengene zu analysieren. Das Gerät wurde hier zur Genotypisierung von Mikrosatelliten und vergleichenden Sequenzierung von Kandidatengenen eingesetzt. 3. FUGATO M.A.S.-NET. Vergleichbar mit dem unter 2. geschilderten Projekt war das Ziel die Feinkartierung bekannter QTL für die Somatische Zellzahl / Eutergesundheit beim Rind. Neben der Typisierung von Mikrosatelliten kam das Gerät in mehreren Masterabeiten zur Analyse von Kandidatengenen zum Einsatz. Diese wurden jedoch teilweise erst nach Abschluss des eigentlichen Projektes durchgeführt. 4. Aufklärung von Imprintingeffekten beim Schwein. Ausgehend von einer am Institut vorhandenen porcinen F2-Ressourcenpopulation mit mehr als 2700 Tieren wurden im Rahmen einer Doktorarbeit zwei Genomregionen analysiert, die der genomischen Prägung unterliegen. Zum einen wurde die IGF2-Region auf dem porcinen Chromosom 2 untersucht. Die Ergebnisse dieser Untersuchungen lassen darauf schließen, dass in der entsprechenden Region neben der bekannten Kausalmutation im IGF2-Gen weitere genetische Variation mit Einfluss auf Wachstums- und Schlachtkörpermerkmale existieren muss. Zum anderen wurde die Region untersucht, welche das Ortholog des ovinen Callipyge-Locus beinhaltet. Dabei wurde ein QTL kartiert, der das Schinkengewicht und somit ein dem Callipyge-Phänotyp vergleichbares Merkmal beeinflusst. Der genetische Effekt an dieser Stelle beruht zu einem großen Anteil auf Imprinting. Die Kartierungen erfolgten mit Hilfe von Mikrosatelliten, welche unter Verwendung des Kapillarsequenzierers genotypisiert wurden. 5. FUGATOplus GenoTrack. Dieses unter der Federführung des Kieler Tierzuchtinstitutes durchgeführte Verbundprojekt beschäftigte sich im Wesentlichen mit Fragestellungen der Genomischen Selektion beim Rind. Darüber hinaus wurden aber auch genomweite Assoziationsstudien durchgeführt und im Rahmen verschiedener Masterarbeiten Kandidatengene analysiert, wozu ausschließlich das entsprechende Gerät verwendet wurde. 6. Feinkartierung porciner QTL für die Rippen- bzw. Wirbelzahl. Dieses Projekt hatte zum Ziel, Genorte beim Schwein zu kartieren, die einen Einfluss auf die Anzahl von Wirbeln oder Rippenpaaren haben. Das Experiment wurde ebenfalls mit Tieren aus der oben beschriebenen Ressourcen-population durchgeführt. Das Gerät wurde in geringem Umfang für die vergleichende Sequenzierung von Kandidatengenen verwendet. Ein wesentlicher Teil der Arbeit wurde aber im Rahmen eines DFG-geförderten Auslandsaufenthaltes an der Universität Bern durchgeführt. 7. MASY – Marine Aquakultur Systemforschung. Innerhalb dieses im Wesentlichen an der Christian-Albrechts-Universität angesiedelten Verbundprojektes wird am Institut für Tierzucht ein Projekt durchgeführt, das sich u.a. mit der Schätzung genetischer Parameter beim Steinbutt befasst. Dazu war einerseits eine umfangreiche Datenerfassung notwendig, andererseits muss zur erfolgreichen Schätzung der Parameter das Pedigree von annähernd 6000 Fischen rekonstruiert werden. Dies wird derzeit mittels eines Mikrosatelliten-Markerpanels durchgeführt, dessen Genotypisierung auf dem beantragten Kapillarsequenzierer erfolgte. 8. FoCus – Kompetenznetzwerk Food Chain Plus. Innerhalb dieses von der Christian-Albrechts-Universität koordinierten BMBF-Kompetenznetzes, wird am Institut für Tierzucht und Tierhaltung das Projekt LactoGene durchgeführt, das sich mit funktionellen Eigenschaften genetischer Milchproteinvarianten beschäftigt. Ein wesentlicher Teil des Projektes ist die Indentifizierung von Proteinvarianten bei Rind, Schaf, Ziege und Pferd. Die Analysen erfolgen auf DNA-Ebene durch Sequenzierung der offenen Leserahmen unter Verwendung des von der DFG bewilligten Kapillarsequenzierers. Da es sich um mehrere hundert Tiere handelt, bei denen jeweils 6 Milchproteingene abgedeckt werden müssen, stellt hier die Verfügbarkeit des Gerätes eine unbedingte Voraussetzung für die Durchführung des Projektes dar.
Publications
- (2010). Detection of a quantitative trait locus for ham weight with polar overdominance near the ortholog of the callipyge locus in an experimental pig F2 population. J Anim Sci. 88: 3167-72
Boysen, TJ; Tetens, J; Thaller, G
- (2010). Evidence for additional functional genetic variation within the porcine IGF2 gene affecting body composition traits in an experimental Piétrain × Large White/Landrace cross. Animal 5: 672-677
Boysen, TJ; Tetens, J; Thaller, G
- (2011). The placental growth factor (PGF)--a positional and functional candidate gene influencing calving ease and stillbirth in German dairy cattle. Anim Genet 42:22-27
Seidenspinner, T; Tetens, J; Habier, D; Bennewitz, J; Thaller, G
