Gemom-weite Matrix-CGH-Analyse des klassischen Hodgkin Lymphoms
Final Report Abstract
Im Rahmen dieses Projekts wurden Pools von mikrodissektierten HRS-Zellen von insgesamt 30 verschiedenen Hodgkin Lymphomen mittels hochauflösender Matrix-CGH in Doppelexperimenten analysiert. Darüber hinaus wurden 6 Hodgkin-Zelllinien untersucht und mit den genomischen Profilen von 17 Linien anderer Lymphomentitäten verglichen. Insgesamt wurden über 20.000 HRS-Zellen durch Mikrodissektion isoliert und etwa 100 Matrix-CGH-Analysen durchgeführt. Alle Daten wurden in die Matrix-CGH Plattform „ChipYard" der Abteilung „Molekulare Genetik" (DKFZ) zur weiteren Prozessierung und bioinformatorischen Analyse eingegeben. Durch die wesentlich höhere Auflösung der Array-CGH gegenüber der konventionellen CGH zeigten sich, neben numerischen Veränderungen größerer chromosomaler Regionen, eine Reihe bisher nicht bekannter, rekurrent in HRS-Zellen auftretender Veränderungen in einem Größenbereich von weniger als 2 Megabasen. Die Anzahl putativer tumor-relevanter Kandidatengene ist in diesen Regionen relativ klein, sodass in weiteren Analysen gezielter deren pathogenetische Funktion bearbeitet werden kann. Unter den Kandidaten erscheinen vor allem solche, die in wichtigen zellulären Signalwegen (JAK/STAT-, RAS-, Phosphinositoltriphosphat-System) von hervorgehobener Bedeutung. Die Ergebnisse weisen außerdem auf eine wichtige Rolle immunmodulatorischer Faktoren wie PD-L2, PD-L2, CD80 und CD86 hin. Schließlich sind in die genannten numerischen Veränderungen mindestens 20 bisher bekannte MikroRNAs involviert. Die Analyse deren pathogenetischer Bedeutung wird in unseren weiteren Studien eine besondere Bedeutung zukommen. Ein Vergleich der primären Tumoren mit Hodgkin-abgeleiteten Zelllinien zeigte eindeutige Überlappungen, vor allen hinsichtlich der chromosomalen Subregionen 2p 14-16, 9p24, 13q34, 14q32 und 17pl3. Clusteranalysen mit Linien weiterer Lymphomentitärten wiesen außerdem auf Hodgkin-spezifische zytogenetische Veränderungen vor allem der chromosomalen Bereiche Iq21-q31, 2pl6-q33 und 9p24. Dies untermauert die wichtige Rolle der Zelllinien als Modellsystem für das Hodgkin Lymphom, vor allem was funktionelle Studien von Genen innerhalb dieser Regionen betrifft. Zur Bestätigung einzelner CGH-Befunde wurden bisher 15 FISH-Experimente auf Gefrierschnitten entsprechender Hodgkin-Fälle vorgenommen. Diese Untersuchungen dauern an, ebenso wie die detaillierte bioinformatorische Analyse des umfangreichen Datenmaterials. Insgesamt wurde im Rahmen dieses Projekts mit großem Erfolg eine Methode etabliert, die es ermöglicht, gezielt kleine Zellpopulationen aus Gewebeschnitten zu isolieren und mittels der Matrix-CGH zu analysieren. Diese neue Methode könnte sich auch für andere Fragestellungen im Bereich der Tumorbiologie als äußerst effektiv und wichtig erweisen.
Publications
- (2005) Elevated Bcl-3 expression and p50 complex formation in anaplastic large cell classical Hodgkin- and peripheral T-cell lymphomas. Blood 106, 4287-4293
Mathas S, Anagnostopoulos I, Joos S, Lietz L, Hummel F, Janz M, Jundt F, Jöhrens K, Bommert K, Stein H, Scheidereit C, Dörken B
- (2006) Chromosomal rearrangements involving the BCL3 locus are recurrent in classical Hodgkin and peripheral T-cell lymphoma. Blood 108, 401-403
Martin-Subero JI, Wlodarska I, Bastard C, Picquenot JM, Hoppner J, Giefing M, Klapper W, Siebert R, Mathas S, Joos S, Stein H, Dorken B
