Informatische Methoden für Massenspektrometrie in der Genomik

• Applicant: Professor Dr. Sebastian Böcker
• Subject Area: Security and Dependability, Operating-, Communication- and Distributed Systems
• Term: from 2003 to 2010
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 5400926

Massenspektrometrie hat sich in den letzten Jahren zu einer der meistverwendeten Analysemethoden in der Proteomik entwickelt, und eine vergleichbare Entwicklung lässt sich zur Zeit im Bereich der Genomik erkennen. Die mathematischen und informatischen Probleme, die in diesem Kontext auftreten, sind vielfältiger Natur und reichen von der Signalverarbeitung über Approximationsprobleme bis hin zu sequenzbasierten Fragestellungen. Ziel des Projektes ist es, (bio-)informatische Methoden und Datenstrukturen zu entwickeln, die für die Auswertung von Massenspektren in der Genomik und Proteomik benötigt werden. Dabei werden voraussichtlich Methoden der Kombinatorik und Graphentheorie, Sequenzanalyse, Statistik und Datenbanken Verwendung finden. Ebenso finden sich Anknüpfungspunkte zur Phylogenetik, beispielsweise bei der Pathogentypisierung. Ein weiterer Schwerpunkt des Projektes soll darauf gelegt werden, dass neue sowie bekannte Verfahren und Algorithmen der Bioinformatik an ihrer Anwendbarkeit auf reale (und somit unvollständige oder vertauschte) massenspektrometrische Daten gemessen werden, und dass dadurch notwendinge Modifikationen der Modellierung und der Algorithmen vorgenommen und getestet werden.

• DFG Programme: Independent Junior Research Groups
• Major Instrumentation: Computer-Server
• Instrumentation Group: 7030 Dedizierte, dezentrale Rechenanlagen, Prozeßrechner