Protein domain interaction networks in yeast: high-throughput analysis using two-hybrid-arrays

• Applicant: Dr. Peter Uetz
• Subject Area: Cell Biology
• Term: from 2002 to 2006
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 5382702

Proteininteraktionen sind wesentlich für alle Prozesse in allen Organismen. Wir wollen möglichst viele Proteininteraktionen im Modellorganismus Hefe identifizieren. Dazu verwenden wir ein von uns entwickeltes modifiziertes two-hybrid-System, für das wir alle 6000 Hefegene kloniert und in einem Arrayformat angeordnet haben. Two-hybrid-Arrays können weitgehend automatisiert mit Roboterhilfe gescreent werden und haben den Vorteil, dass sie Falsch-Positive weitgehend ausschliessen. Die Methode erlaubt ausserdem die genaue Kartierung von interagierenden Proteinabschnitten ("Domänen"). Schliesslich können two-hybrid screens auch Interaktionen identifizieren, die in gereinigten komplexen nicht stabil erhalten bleiben, d.h. schwache oder transiente Interaktionen. Besondere Aufmerksamkeit wird den Interaktionen von Proteinen und Proteindomänen unbekannter Funktion gewidmet. Interaktionen mit bekannten Proteinen führen damit zu experimentell verifizierbaren Hypothesen. Unser Verfahren ergänzt auch sehr gut andere Methoden wie z.B. die massenspektrometrische Analyse von Proteinkomplexen, deren Topologie mit two-hybrid-Tests aufgeklärt werden kann. Schliesslich sollen theoretisch vorhergesagte Proteininteraktionen experimentell verifiziert und damit Bioinformatik-Methoden zur Vorhersage von Proteinfunktionen verbessert werden.Zunächst werden folgende Proteindomänen untersucht: DEP, PX, FF, CNH.

• DFG Programme: Research Grants