NMR and SPR investigations of Hepatitis Delta Virusribozymes in complex with inhibitors.

• Applicant: Dr. Thomas Weimar
• Subject Area: Organic Molecular Chemistry - Synthesis and Characterisation
• Term: from 2001 to 2004
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 5353056

Mit der zunehmenden Kenntnis genomischer Sequenzen verschiedenster Organismen werden RNA-Strukturen immer häufiger als potentielle Wirkstoffziele diskutiert (Ecker & Griffeuy, 1999). Obwohl RNA-Strukturen durch kleine Moleküle aus unterschiedlichen Verbindungsklassen in ihrer Funktion gestört werden, sind die molekularen Grundlagen der Wechselwirkung von RNA mit solchen (potentiellen) Wirkstoffen nur sehr unzureichend beschrieben. In dem vorliegenden Projekt sollen daher Inhibitorkomplexe der Hepatitis Delta Virus Ribozyme strukturell, thermodynamisch und kinetisch charakterisiert werden. Als potentielle Inhibitoren der Ribozyme werden glycosylierte Aminopropanole getestet. Mit Hilfe NMR-spektroskopischer Methoden und unter Einbeziehung bekannter Kristallstrukturen sollen Ribozym-Inhibitor-Komplexe untersucht werden. Dabei werden komplexierte Konformationen der Wirkstoffe und Kontakte zwischen Inhibitoren und Ribozymen durch trNOE-und STD-NMR-Experimente aufgeklärt. Plasmonen-Resonanz-Untersuchungen sollen Aufschluß über Thermodynamik und Kinetik der Komplexbildung geben. Die Kombination von NMR- mit Plasmonen-Resonanz-Daten wird die Basis für Strukturvorschläge neuer und spezifischer Inhibitoren der untersuchten Ribozyme bilden.

• DFG Programme: Research Grants