Strukturelle Aufklärung von Aptamer/Proteinkomplexen durch membrangebundene Peptid-Repertoires

• Antragsteller: Professor Dr. Michael Famulok
• Fachliche Zuordnung: Biochemie
• Förderung: Förderung von 2001 bis 2005
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 5464458

Wir haben in früheren Arbeiten eine Reihe von Aptameren gegen verschiedene intrazelluläre Proteintargets selektiert und ihre Funktion in vitro, sowie in lebenden, hochdifferenzierten Zellen untersucht. Anhand der aus der intrazellulären Aptamer-Expression ("Intramer"-Expression) resultierenden zellulären Phänotypen konnten wir zum Teil Rückschlüsse auf die Funktion der jeweiligen Proteine erlangen. Ziel dieses Antrags ist es, eine genaue Vorstellung über die für die Bindung der Aptamere an ihr jeweiliges Proteintarget relevanten Regionen des Proteins zu erlangen. Dazu sollen in Zusammenarbeit mit der AG Schneider-Mergener 13-14-mer Peptid-Arrays des gesamten jeweiligen Targetproteins auf Membranen synthetisiert und mit dem jeweiligen cognaten, radioaktiv- oder fluoreszenzmarkierten Aptamer in Kontakt gebracht werden. Zunächst müssen die optimalen Interaktionsbedingungen des jeweiligen Aptamer/Zielprotein-Systems optimiert werden. Anhand des erhaltenen Interaktionsmusters sollen Rückschlüsse über die für die Bindung an das Aptamer relevanten Aminosäure-Seitenketten des Proteins möglich werden. Zielproteine sind zunächst das cytoplasmatische Regulatorproteine Cytohesin-1, das Neuropeptid Y und das murine Prionprotein. Später sollen auch natürliche RNA/Proteinkomplexe untersucht werden.

• DFG-Verfahren: Forschungsgruppen
• Teilprojekt zu: FOR 299: Optimierte molekulare Bibliotheken zum Studium biologischer Erkennungsprozesse