Alanyl-Peptidnucleinsäure/DNA-Chimäre zum Nachweis von DNA

• Applicant: Professor Dr. Ulf Diederichsen (†)
• Subject Area: Organic Molecular Chemistry - Synthesis and Characterisation
• Term: from 2001 to 2005
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 5321196

DNA-Oligomere bestehend aus 23 Nucleotideinheiten, einem kovalent mit dem 5´-Ende verknüpften Fluorphor und einem mit dem 3´-Terminus verbundenen Quenchermolekül werden für die Diagnostik von DNA-Einzelsträngen verwendet. Sogenannte "molecular beacons" bilden in Abwesenheit der zu diagnostizierenden DNA einen Doppelstrang mit den sechs terminalen Nucleotiden (Stammregion). Durch Binden von DNA werden die Enden räumlich weit getrennt und Fluoreszenz lässt sich beobachten. Ziel dieses Vorhabens ist es, dieses Konzept zu verbessern, indem die Stammregion durch einen Alanyl-Peptidnucleinsäure-Doppelstrang ersetzt wird. Das sollte die Vorteile haben, dass der Fluorophor im Basenstapel integriert werden kann und damit dem Solvens nicht ausgesetzt ist, Nucleobasen im Gegenstrang als Quencher fungieren können, die Termini frei sind z.B. für die Verknüpfung mit der Festphase und schließlich DNA und Alanyl-PNA orthogonale Paarungssysteme darstellen. Die Verwirklichung dieser hybridisierten "molecular beacons" erfordert entweder einen stufenweisen Aufbau des Oligomers unter DNA-Synthsebedingungen oder eine Blocksynthese, bei der an beiden Enden des DNA-Oligomers Alanyl-PNA Oligomere ligiert werden. Beide Synthesemethoden sind Ziel dieses Vorhabens, wobei das Ligationskonzept auch für Peptid/DNA/Peptid-Ligationen Bedeutung haben sollte.

• DFG Programme: Research Grants