LC-MS/MS System mit hochauflösendem Massenspektrometer und nano-UHPLC - Gerät 2 von 2

• Fachliche Zuordnung: Grundlagen der Biologie und Medizin
• Förderung: Förderung in 2024
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 527318363

Die Nachfrage nach High-End-Proteomanalytik am Universitätscampus Tübingen ist in den letzten Jahren deutlich gestiegen. Dies ist vor allem darauf zurückzuführen, dass sich die Technologie der Massenspektrometrie-basierten Proteomanalyse dramatisch weiterentwickelt hat und heute eine Vielzahl von Analysemöglichkeiten für verschiedenste Bereiche der biomedizinischen Forschung bietet. Das derzeitig vorhandene Instrument ist seit mehr als 8 Jahren in Betrieb und wurde stark beansprucht. Dadurch haben die wartungsbedingten Ausfallzeiten in den letzten zwei Jahren erheblich zugenommen. Dies führte zu einer Warteschlange von mehr als 2 Monaten für die Analyse von Proben in unserer Core Facility, und leider mussten wir aufgrund der steigenden Nachfrage und der zunehmenden Projekte für den medizinischen Campus Tübingen, Probenmessungen ablehnen. Darüber hinaus ist die Technologie veraltet und entspricht nicht mehr den aktuellen Anforderungen an eine proteomische Analyse von geringen Probenmengen und von komplexen Proben und muss daher durch ein modernes Gerät ersetzt werden. Wir beantragen daher, dieses Massenspektrometer durch ein neues Gerät zu ersetzen. Da wir eine zunehmende Anzahl von Projekten mit sehr begrenzten Probenmengen durchführen, die z.B. aus endogenen Proteinkomplexen, primärem Gewebe oder von induzierten pluripotenten Stammzellen stammen, wird ein hochempfindliches Gerät mit hohen Scanraten und ultra-hoher Auflösung benötigt. Um sowohl den Durchsatz als auch die Reproduzierbarkeit zu erhöhen, muss das neue Instrument außerdem die hochauflösende und schnelle, Daten-unabhängige Aufnahme und - zu Validierungszwecken und zum Nachweis spezifischer Proteine in komplexen Proben - eine gezielte Analyse spezifischer Peptide ermöglichen. Die gezielte Analyse ist insbesondere für die translationale Forschung sowie für die Validierung bei großen Probenmengen unerlässlich. Zur Auftrennung der komplexen Gemische muss außerdem ein Ultra-Hochleistungs-Flüssigkeitschromatographiesystem an das Massenspektrometer angeschlossen werden, das eine reproduzierbare Auftrennung komplexer Peptidgemische bei hoher Auflösung und Nanodurchflussraten ermöglicht. Bei der von uns beantragten Gerätekombination handelt es sich um ein Nano Ultra-Hochleistungs-Flüssigkeitschromatographie System, gekoppelt mit einer Ionenmobilitätseinheit, die mit einem ultrahochauflösenden Massenspektrometer verbunden ist. Diese Kombination ist ein perfekter Aufbau, um eine präzise Retentionszeit zu erreichen, die Probendispersion und Systemverschleppung zu begrenzen, den Hintergrund des spektralen Rauschens zu reduzieren und eine empfindliche und genaue Identifizierung und Quantifizierung von Peptiden mit hoher Auflösung zu liefern.

• DFG-Verfahren: Forschungsgroßgeräte
• Großgeräte: LC-MS/MS System mit hochauflösendem Massenspektrometer und nano-UHPLC - Gerät 2 von 2
• Gerätegruppe: 1700 Massenspektrometer
• Antragstellende Institution: Eberhard Karls Universität Tübingen
• Leiter: Professor Marius Ueffing, Ph.D.