Struktur DNA-bindender Proteine: Helikase RepA, Repressor CcpA, oriC-Protein DnaA, Dekamer-Hybrid zwischen RNA und komplementärer Hexose-DNA

• Applicant: Professor Dr.-Ing. Wolfram Saenger
• Subject Area: Biophysics
• Term: from 1999 to 2003
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 5204438

Es ist vorgesehen, die Kristallstrukturen der folgenden Proteine und eines Dekanukleotid-Hybrids mit Röntgendiffraktionsmethoden zu ermitteln. Im einzelnen: Helikase RepA. Es handelt sich hier um eine Zusammenarbeit mit Dr. E. Scherzinger und Dr. E. Lanka/MPI Berlin (TP A8). Es liegen Kristalle vor, die Röntgenstrahlen bis etwa 2.4 Å beugen, eine erste Elektronendichteverteilung bei dieser Auflösung ist zu etwa 3/4 interpretiert (Timo Niedenzu). CcpA-Protein ist ein bakterielles Repressor-Protein. Ein Überexpressions-Konstrukt wurde uns von Prof. W. Hillen/Erlangen zur Verfügung gestellt. Es gelang uns, dieses Protein zu kristallisieren und wir sind dabei, die Röntgenstrukturanalyse durchzuführen (Jan Tebbe). DnaA-Protein bindet an den bakteriellen oriC, lockert die DNA Doppelhelix in einer T/A-reichen Region und ermöglicht deren Replikation. Es gelang Prof. W. Messer/MPI Berlin , DnaA aus Thermus thermophilus in E.coli heterolog zu überexprimieren. Erste Kristallisationsexperimente wurden angesetzt, die kürzlich nadelförmige Kristalle ergaben; die Optimierung ist im Fluß (Ingo Przylas). Das Hybrid zwischen Dekanukleotiden aus RNA und einer kompementären DNA, in der die 2'-Desoxyribosen durch Hexosen ersetzt sind, wurde von Prof. P. Herdewijn/Brüssel zur Verfügung gestellt und von uns kristallisiert. Die Kristalle zeigen eine Auflösung des Diffraktionsmusters bis etwa 3 Å auf unseren Drehanoden-Generatoren, die Strukturanalyse wurde begonnen (Ingo Przylas).

• DFG Programme: Research Grants