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Projekt
Integrative funktionelle Genomik von DNA-Virus Infektionen
Antragstellerin
Professorin Dr. Caroline Friedel
Fachliche Zuordnung
Virologie
Förderung
Förderung seit 2021
Projektkennung
Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 443644894
Ein zentrales Ziel von DEEP-DV ist die Identifikation von gemeinsamen Mechanismen und Unterschieden in der Genregulation von Wirt und Virus zwischen DNA-Virusinfektionen. Zu diesem Zweck nutzen wir funktionelle Genomik Daten, welche von den einzelnen DEEP-DV-Projekten generiert werden, um ihre spezifischen Projektziele zu erreichen. Diese Daten stellen eine reichhaltige Ressource für uns dar, um vergleichende Analysen durchzuführen, welche über die einzelnen Projektziele hinausgehen und über DEEP-DV-Projekte und verschiedene funktionelle Genomik Assays hinweg integrieren. Um die Datenintegration zu erleichtern, entwickelt Z01 standardisierte Analyse-Workflows, eine Plattform zum Austausch von Daten und Analysen (den DEEP-DV Hub) sowie Ansätze für das Mining öffentlicher Daten. Dies wird es uns ermöglichen, eine umfassende Analyse der transkriptionellen und epigenetischen Regulation über verschiedenen DNA-Viren hinweg durchzuführen. Hierfür werden sowohl DEEP-DV-interne als auch öffentliche Daten verwendet werden. Wir werden Methoden entwickeln zur Untersuchung und Vergleich von transkriptionellen und epigenetischen Veränderungen und deren Zusammenspiel während der Infektion mit verschiedenen DNA-Viren sowie potentiellem epigenetischem Priming vor der Infektion für schnelle transkriptionelle Reaktionen. Darüber hinaus werden wir uns konzentrieren auf promoter-proximale Pausierung der RNA Polymerase II (RNAPII), vorzeitige Transkriptionsterminierung sowie deren Zusammenspiel bei HSV-1 und anderen DNA-Virusinfektionen. Diese Forschungsfragen ergeben sich aus vorläufigen Beobachtungen eines weit verbreiteten Verlustes der RNAPII Pausierung während der HSV-1 Infektion und der vorzeitigen Transkriptionsterminierung an Polyadenylierungsstellen. Letzteres wurde zuvor mit einer Hemmung der CDK9 Kinase in Verbindung gebracht. Bemerkenswert ist dabei, dass CDK9 für die Freisetzung von pausierter RNAPII vom Promotor erforderlich ist und ihre Hemmung RNAPII in einem pausierten Zustand arretiert. Wir werden die heterogenen Rollen von CDK9 während der HSV-1-Infektion aufklären, sowie die Rolle des HSV-1 Immediate-Early-Proteins ICP22, von dem bekannt ist, dass es mit CDK9 interagiert. Alle Ergebnisse werden in den DEEP-DV-Hub einfließen, der die Grundlage für eine öffentliche Wissensdatenbank über DNA-Virusinfektionen bilden wird, die in einer möglichen zweiten Förderperiode verfolgt wird.
DFG-Verfahren
Forschungsgruppen
