GEPAT2 (Genome Expression Pathway Analysis Tool 2) - Von der Genexpression zum Medikament

• Applicant: Professor Dr. Jörg Schultz
• Subject Area: Bioinformatics and Theoretical Biology
• Term: from 2007 to 2010
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 44192556

Die zwei Ziele dieses Antrages sind es, (i) die Auswertung von Genexpressionsdaten in das zelluläre Regulations- und Interaktionsnetzwerk einzubetten und (ii) Substanzen zu identifizieren, die durch eine De-regulation der Expression verursachte Effekte beeinflussen können. Die Kombination dieser beiden Aufgabenstellungen innerhalb eines Antrages ermöglicht es, nach Substanzen zu suchen, die nicht nur die de-regulierten Proteine selber beeinflussen, sondern auch deren Interaktionspartner und Regulatoren. Diese bieten insbesondere in den Fällen, in denen das de-regulierte Protein keinen Ansatzpunkt für ein kleines Molekül bietet (es ist nicht ‚drugable’), neue Ansatzpunkte für Medikament-Kandidaten. Der Anspruch auf klinische Relevanz wird durch einen Fokus auf Substanzen, die bereits von der FDA zugelassen worden sind oder sich in der klinischen Phase befinden, unterstrichen. Über das Proteinnetzwerk hinaus soll in diesem Antrag auch der Einfluss von microRNAs auf die Genregulation analysiert werden. Dieser wird, trotz zunehmender Relevanz auch für verschiedene Krankheiten, bisher zu wenig berücksichtigt. Alle Entwicklungen werden direkt zur Auswertung von Genexpressionsdaten von Kollaborationspartnern genutzt. Dies wird erst dadurch ermöglicht, dass die hier beantragten Arbeiten auf einer in der Arbeitsgruppe entwickelten, funktionsfähigen und publizierten Plattform zur Genexpressionsanalyse (GEPAT) aufsetzen. Das in diesem Antrag entwickelte System wird der wissenschaftlichen Gemeinschaft zum einen als Web-Service zur Verfügung gestellt, zum anderen wird der gesamte Programmcode über das Open Source Modell zugänglich gemacht werden.

• DFG Programme: Research Grants