Identifizierung von mikrobiellen Signaturen bei entzündlichen Darmerkrankungen

• Antragstellerin: Dr. Corinna Bang
• Fachliche Zuordnung: Gastroenterologie
• Förderung: Förderung von 2020 bis 2023
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 433152305

Für die Identifizierung molekularer Signaturen, die das klinische Auftreten oder den Verlauf einer chronisch-entzündlichen Darmerkrankung (CED) vorhersagen, haben wir eine familienbasierte prospektive Kohortenstudie mit wiederholter Sammlung von medizinischen Informationen und biologischen Proben bei CED-Patienten und deren Angehörigen initiiert. Derzeit nehmen über 1.000 Personen an dieser Studie teil, darunter mehr als 450 Indexpatienten mit Morbus Crohn oder Colitis ulcerosa sowie deren (noch) nicht betroffene Angehörige, bei denen aufgrund der familiären Anhäufung der Krankheit ein hohes Risiko besteht, die Krankheit selbst zu entwickeln. Zum Vergleich stehen uns Stuhlproben von > 1.000 gesunden Kontrollen (Blutspender aus derselben geographischen Region) und von 51 behandlungsnaiven, neu-diagnostizierten CED-Patienten zur Verfügung.Das Stuhlmikrobiom ist ein wichtiger intermediärer Phänotyp für CED, und wir haben bereits in früheren Analysen, die auf der kostengünstigen 16S-rDNA-Gensequenzierung beruhten, mehrere mit CED-assoziierte bakterielle Taxa identifiziert. Da die Auflösung auf Speziesebene mit dieser Methode jedoch begrenzt ist, wollen wir das intestinale Mikrobiom der uns zur Verfügung stehenden einzigartigen Kohorten nun funktional mithilfe der hochauflösenden Metagenomsequenzierungen charakterisieren. Mit den erhaltenen Metagenom-Sequenzierungsdaten werden wir (i) eine bessere Quantifizierung der Mikroorganismen in Stuhlproben durchführen können, (ii) die Diversität und genomische Vielfalt einzelner Spezies bestimmen, (iii) wahrscheinliche seltene "Indikatorspezies" identifizieren, die möglicherweise mit CED assoziiert sind und (iv) eine Analyse und funktionelle Charakterisierung nichtbakterieller Mikroorganismen wie bspw. Pilze und Archaeen durchführen, wobei ein besonderer Fokus auf der Identifizierung des Viroms liegen soll.

• DFG-Verfahren: Sachbeihilfen
• Mitverantwortliche: Professor Dr. Andre Franke; Professor Dr. Wolfgang Lieb