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Projekt
Long-read sequencing von chronischer lymphatischer Leukämie und myelodysplastischem Syndrom mit und ohne SF3B1 Mutationen zur Identifikation von Mechanismen genomischer Instabilität, Therapieresistenz und deren Einfluss auf die Prognose.
Antragstellerinnen / Antragsteller
Professor Dr. Andreas Beyer; Dr. Ralf Herwig; Professorin Dr. Michal-Ruth Schweiger
Fachliche Zuordnung
Hämatologie, Onkologie
Förderung
Förderung von 2019 bis 2024
Projektkennung
Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 418085361
Chronische lymphatische Leukämie (CLL) ist die häufigste Form der Leukämie in der westlichen Welt. Eines der hierbei am häufigsten mutierten Gene kodiert den Spleißingfaktor SF3B1. Bei CLL sind Mutationen in diesem Gen mit einer schlechten Prognose der Patienten assoziiert. Mutationen in SF3B1 induzieren Veränderungen beim RNA-Spleißingprozess und bei der zellulären Antwort auf DNA Schäden. Dies beinflußt unter anderem die genomische Stabilität der betroffenen Zellen. Interessanterweise ist SF3B1 auch beim myelodysplastischem Syndrom (MDS) häufig mutiert. Hier jedoch sind SF3B1 Mutationen mit einer günstigeren Prognose der Patienten verbunden. Das Ziel dieser Arbeit ist es, den Effekt von Mutationen in SF3B1 auf den RNA-Spleißprozess, auf die Stabilität von repetitiven DNA Sequenzen und die genomische Stabilität insgesamt bei CLL zu untersuchen. Hierfür sollen long-read Sequenzierungen mit dem single molecule real time sequencing (SMRT) System von PacBio durchgeführt werden. Es sind Isoform Sequenzierungen der RNA (Iso-seq) und long-read genomische Sequenzierungen von B-Zellen aus CLL Patienten mit und ohne SF3B1 Mutation sowie von normalen B-Zellen geplant. Bioinformatische Analysen werden es uns ermöglichen, die Veränderungen im Spleißing bei SF3B1 Mutation deutlich genauer zu bestimmen, als es bisher mit den von uns im Rahmen des KFO286 Projektes generierten short-read Sequenzierungsdaten möglich gewesen ist. Außerdem sollen Iso-seq Analysen von hämatopoetischen Stammzellen von Patienten mit MDS Proben durchgeführt werden, die sich ebenfalls durch den SF3B1 Mutationsstatus unterscheiden. Anschliessend erfolgt ein Vergleich der CLL und der MDS Daten, um Einblicke in die Ursachen der unterschiedlichen Prognosen bei CLL und MDS zu gewinnen. Neben den Analysen der RNA-Isoformen sollen long-read Sequenzierungen der genomischen DNA durchgeführt werden um strukturelle Varianten zu identifizieren. Unsere Pilot-Analysen der RNA-Seq Daten im KFO286 Projekt haben gezeigt, dass wir eine deutliche Deregulierung von repetitiven RNAs in CLL im Allgemeinen, aber auch bei SF3B1 mutierten CLL Patienten im Speziellen finden. Dies, im Zusammenhang mit Funktionen von SF3B1 in der zellulären Stressantwort, machen Veränderungen auf genomischer Ebene wahrscheinlich. Insgesamt ergänzt dieses Projekt der long-read Sequenzierungen die genomischen, epigenomischen und funktionellen Untersuchungen, die im Rahmen des KFO286 Projekts durchgeführt werden, ideal und wird voraussichtlich weitere Einblicke in Mechanismen der Tumorprogression gewähren.
DFG-Verfahren
Sachbeihilfen
