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Projekt
Einfluss kleiner Proteine auf das kollektive Verhalten und den Kohlenstoffmetabolismus bei Vibrio cholerae
Antragsteller
Professor Dr. Kai Papenfort
Fachliche Zuordnung
Stoffwechselphysiologie, Biochemie und Genetik der Mikroorganismen
Förderung
Förderung seit 2017
Projektkennung
Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 379644638
Die Annotation von mikrobiellen Genomen beruht typischerweise auf der Vorhersage offener Leserahmen (ORFs) mit einer minimalen Länge. Während die Festlegung einer Untergrenze für die ORF-Länge eine starke Abnahme der falsch positiven Genannotationen brachte, führte dies auch zu einer Unterrepräsentation kleiner Proteine, von denen wir heute wissen, dass sie eine wichtige Rolle in der mikrobiellen Physiologie spielen. Diese Strategie konnte auch die sogenannten nested ORFs, sowie duale RNA-Regulatoren, die Basenpaarungsfunktionen und ein kleines Protein enthalten, nicht identifizieren. In der vorherigen Förderperiode dieses Programms haben wir ribosome profiling verwendet, um kleine Proteine in Vibrio cholerae zu identifizieren. Diese Studien führten zur Identifikation von Dutzenden kleiner Proteine, darunter mehrere Beispiele für nested ORFs und duale RNA-Regulatoren. Detaillierte Analysen einer dualen RNA (VcdR - Vibrio cholerae dual RNA-regulator) zeigten eine zentrale Rolle dieses Regulators bei der Kontrolle des Kohlenstoffmetabolismus von V. cholerae. Als nächstes wollen wir die molekularen Grundlagen der VcdR-vermittelten Genregulation, sowie die Rolle anderer kleiner Proteine bei wichtigen kollektiven Verhaltensweisen wie Quorum Sensing, Biofilmbildung und Virulenz untersuchen. Das in diesem Antrag skizzierte Arbeitsprogramm zielt darauf ab unsere Sicht auf die Funktionen kleiner Proteine in V. cholerae zu erweitern. Ein Schwerpunkt werden hierbei die bisher nur schlecht untersuchten dual RNAs und nested ORFs sein.
DFG-Verfahren
Schwerpunktprogramme
