Evolution von chemischen Modifikation: von tRNAs bis zu transkriptom-weiten Studien

• Antragsteller: Professor Dr. Mario Mörl; Professor Dr. Peter Florian Stadler
• Fachliche Zuordnung: Biochemie ; Bioinformatik und Theoretische Biologie
• Förderung: Förderung von 2015 bis 2020
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 277447458

Chemisch modifizierte Nukleotide sind sowohl in RNA als auch in DNA allgegenwärtig. Als epigenetischeund epitranskriptomische Marker verändern sie die Funktion von genomischer DNA und von Transkripten in Abhängigkeit von der zellulären Vorgeschichte und von Umwelteinflüssen. Zudem beeinflussen sie die Stabilität von RNA Strukturen. Modifizierte Nukleotide treten besonders häufig in tRNA auf, wo sie in der Evolution gut konserviert zu sein scheinen. Dennoch sind sie vergleichsweise schlecht verstanden. Wir schlagen deshalb vor, die Evolution von tRNA-Modifikationen und deren regulatorischen Spielraum systematisch mit Hilfe moderne Methoden der Hochdurchsatzsequenzierung und angepasster bioinformatische Werkzeuge zu untersuchen. Im evolutionären Kontext soll die Fülle von öffentlich verfügbaren small RNA-seq Datensätzen genutzt werden. Funktionale Fragestellungen sollen exemplarisch am Beispiel der Temperaturanpassung von Bacilliales und von Hefen studiert werden. Ein wichtiger Teil des Forschungsvorhabens ist die systematische Verbesserung der relevanten bioinformatischen Methoden.

• DFG-Verfahren: Schwerpunktprogramme
• Teilprojekt zu: SPP 1784: Chemische Biologie natürlicher Nukleinsäuremodifikationen