Hochauflösendes Massenspektrometer mit Nano UPLC System
Zusammenfassung der Projektergebnisse
Das Zentrallabor für Proteinanalytik (ZFP) wurde im Jahr 2002 am Adolf-Butenandt-Institut (ABI) der LMU als zentrale Service Einheit von fünf DFG Sonderforschungsbereichen etabliert. Das ZfP hat sich mittlerweile als erste „Core Facility“ des neuen Biomedizinischen Centrums (BMC) etabliert und wurde 2012 in die Forschungsinfrastruktur-Datenbank der DFG aufgenommen. Mittlerweile stellt das ZfP seine Expertise und Service Dienstleistungen deutlich mehr Laboratorien zur Verfügung. Neben der Routineanalyse von Proteinen und Polypeptiden besteht ein großer Teil der Arbeit des ZfP in der detaillierten Analyse von Proteinen und Proteinmischungen und die Kartierung und Charakterisierung von posttranslationalen Modifikationen. Deshalb ist es ein Ziel des ZfP, neue Methoden zur Bearbeitung dieser Fragestellungen zu entwickeln und in der Routineanalytik zu etablieren. Die Anschaffung eines dem neuesten Stand der Technik entsprechenden Massenspektrometers erlaubt es dem ZfP, posttranslationale Modifikationen und Protein-Protein Interaktionen mit einer deutlich höheren Sensitivität und Genauigkeit zu messen und zu charakterisieren. Besonders auf dem Feld der Analyse von Histonmodifikationen konnten wir dabei wichtige Beiträge zum Verständnis der Stabilität und Vererbung von epigenetischen Modifikationen liefern. Darüber hinaus erlaubte uns die Anschaffung die Möglichkeit hochkomplexe Proteome definierter Zellpopulationen, Organellen oder andere funktioneller Einheiten in einer Zelle sehr schnell und sehr reproduzierbar zu quantifizieren. Hier hat uns besonders die Funktionalität des neuen Massenspektrometers geholfen, Data Independent Acqusition Measurements (DIA) durchzuführen und damit das in der Proteomik vorherrschende Problem der mangelnden Messkapazität (Undersampling) zu umgehen oder zumindest zu verringern.
Projektbezogene Publikationen (Auswahl)
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Two distinct modes for propagation of histone PTMs across the cell cycle. Genes Dev. 29, 585–590 (2015)
Alabert, C., Barth, T. K., Reverón-Gómez, N., Sidoli, S., Schmidt, A., Jensen, O. N., Imhof, A. & Groth, A.
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A Quantitative Proteomic Analysis of In Vitro Assembled Chromatin. Molecular & Cellular Proteomics 15, 945–959 (2016)
Völker-Albert, M. C., Pusch, M. C., Fedisch, A., Schilcher, P., Schmidt, A. & Imhof, A.
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Adrenergic Signaling Strengthens Cardiac Myocyte Cohesion. Circ. Res. 120, 1305–1317 (2017)
Schinner, C., Vielmuth, F., Rötzer, V., Hiermaier, M., Radeva, M. Y., Co, T. K., Hartlieb, E., Schmidt, A., Imhof, A., Messoudi, A., Horn, A., Schlipp, A., Spindler, V. & Waschke, J.
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ATM induces MacroD2 nuclear export upon DNA damage. Nucleic Acids Res. 45(1):244-254 (2017)
Golia B, Moeller GK, Jankevicius G, Schmidt A, Hegele A, Preißer J, Tran ML, Imhof A, Timinszky G
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NO Augments Endothelial Reactivity by Reducing Myoendothelial Calcium Signal Spreading: A Novel Role for Cx37 (Connexin 37) and the Protein Tyrosine Phosphatase SHP-2. Arterioscler. Thromb. Vasc. Biol. 37, 2280–2290 (2017)
Pogoda, K., Mannell, H., Blodow, S., Schneider, H., Schubert, K. M., Qiu, J., Schmidt, A., Imhof, A., Beck, H., Tanase, L. I., Pfeifer, A., Pohl, U. & Kameritsch, P.
