Microfluidic real-time PCR

• Subject Area: Basic Research in Biology and Medicine
• Term: Funded in 2014
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 254107603

Die Kombination von Zellisolierung und Mikrofluidik ist eine der Zukunftstechnologien im Bereich der molekularen Forschung und Diagnostik. Die beteiligten Arbeitsgruppen nutzen seit Jahren sehr erfolgreich hochsensitive Technologien für die molekulare Charaterisierung von Zellen im Bereich der Toxizitätsforschung (EU-Projekte), der Krebsforschung, der Epigenomforschung, der Protistenforschung und der Stammzellforschung. Die beantragte Mikrofluidik/Real-time-PCR-Gerätekombination ermöglicht extrem hochauflösende molekulare Analysen (RNA, DNA) im Bereich der Genexpression, Genotypisierung und der Epigenetik (Bisulfit-Sequenzierung) durchzuführen. Die beantragte Gerätekombination komplettiert dabei den bereits vorhandenen NGS-Gerätepark (HiSeq, HiScan, MiSeq, 454 GS-FLX) und ermöglicht die Entwicklung neuer Forschungsbereiche und die Entwicklung neuer Projektansätze. Die Anschaffung wird den Anschluss an die schnell voranschreitende funktionelle Genomforschung sichern und den Forschungsstandort nachhaltig stärken. Für die geplanten Nutzungen (miRNA-Analysen, Expressionsanalysen, RNA-, Genom-Aufarbeitungen für NGS) sind beide Komponenten, das Single-Cell Autoprep- System und das HD-Gerät, unabdingbar. Das System ist nur mit beiden Komponenten funktionell. Das Single-Cell Auto Prep-Gerät vereinzelt die Zellen aus Gewebeverbänden oder Kulturen, um sie in einer Mikrofluidik-Kassette dann in einem automatischen Prozess zu lysieren, RNA bzw. DNA zu isolieren und vorzuamplifizieren. Der HD-Reader führt, je nach Funktion, die Genexpressionsanalyse bzw. Genom- und Epigenomanalysen durch. Diese quantitativen Analysen sind mit bereits vorhandenen Geräten, die in der AG zur Verfügung stehen, nicht zu erfüllen.

• DFG Programme: Major Research Instrumentation
• Major Instrumentation: HD Reader
• Instrumentation Group: 1150 Thermocycler (PCR)
• Applicant Institution: Universität des Saarlandes
• Leader: Professor Dr. Jörn E. Walter