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Projekt
A comparative approarch to genome annotation in Tribolium
Antragsteller
Professor Dr. Mario Stanke
Fachliche Zuordnung
Allgemeine Genetik und funktionelle Genomforschung
Förderung
Förderung von 2013 bis 2016
Projektkennung
Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 102336348
In diesem Projekt werden die Gene von Tribolium castaneum und die dsRNA-Templates für den RNAi- Screen mit bioinformatischen Methoden identifiziert werden. Zudem werden neue bioinformatische Methoden für die Genvorhersage entwickelt werden. Die Genomannotation von T. castaneum wird weiter verbessert damit eine hohe Erfolgsrate bei den darauf aufbauenden RNAi Knockdowns der etwa 6850 bisher nicht gescreenten Gene erzielt werden kann. Diese Gene sind schwieriger korrekt vorherzusagen, da in der ersten Phase von iBeetle überwiegend hoch exprimierte und leichter korrekt vorherzusagende Gene das Ziel waren. In diesem Projekt werden solche Teile von mRNAs, die wahr-scheinlich korrekt sind, identifiziert und der Firma Eupheria geliefert, die diese weiter filtert und daraus letztendlich die physischen dsRNA-Templates erzeugt. Um die Zuverlässigkeit – und damit auch die Erfolgsrate – der mRNA Fragmente zu erhöhen, wird eine neue Methode der vergleichenden Genvor-hersage entwickelt werden um vorhandene Hinweise aus den RNA-Seq-Daten zu ergänzen. Diese wird auf die Genome von vier Tribolium-Spezies, die momentan in dem Labor von Susan Brown (Kansas State University) assembliert werden, angewandt werden. Die entwickelten Methoden sollen aber allgemein für Kladen mit vielen sequenzierten Genomen, wie z.B. Wirbeltiere, anwendbar sein und gehen deshalb über die Anwendung auf Tribolium hinaus. Das im Rahmen dieses Projekts entwickelte und implementierte neue Genvorhersagewerkzeug wird gleichzeitig die Gene in allen Eingabe-Genomen identifizieren. Eine Wechselwirkung zwischen den Genstrukturen in den verschiedenen Spezies wird dabei vermöge eines Graphens erzielt, der auf einem multiplen Genomalignment und dem phylogentischen Baum basiert und dessen Knoten alle möglichen Exons in allen Spezies sind.
DFG-Verfahren
Forschungsgruppen
