An experimental system to investigate the consequences of co-transcriptional R-loop formation in the context of DNA replication in mammalian cells

• Applicant: Dr. Stephan Hamperl
• Subject Area: General Genetics and Functional Genome Biology
• Term: from 2013 to 2015
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 236361818

Fehlerfreie DNA Replikation und DNA Reparatur sind entscheidend für die Erhaltung der Genomstabi-lität und es ist im Allgemeinen akzeptiert, dass Fehler bei diesen Prozessen Hauptursachen von DNA-Schädigungen in Zellen darstellen. Interessanterweise deuten neuere Erkenntnisse darauf hin, dass DNA Schädigungen vermehrt an genomischen Loci mit hoher transkriptioneller Aktivität auftreten. Des Weiteren kann der Verlust bestimmter RNA-prozessierender Faktoren in Säugetierzellen zu DNA-Schädigungen durch die co-transkriptionelle Ausbildung von RNA:DNA Hybridstrukturen (sogenannter R-Loops) führen. Die molekularen Mechanismen zur R-Loop Entstehung und wie diese Strukturen zu Genominstabilität führen, sind nicht verstanden. Dieses Projekt zielt darauf ab ein in vivo System zur zeitlich kontrollierten Transkription und Replikation episomaler Plasmide zu etablieren. Auf diese Wei-se kann der Beitrag dieser beiden zentralen Prozesse im Zellkern zu R-Loop Bildung und Genomin-stabilität separat beleuchtet werden. Das episomale System kann weiterhin dazu genutzt werden, plasmid-assoziierte Proteine die bei dem Metabolismus dieser R-Loop Strukturen beteiligt sind, über Proteomanalysen zu identifizieren.

• DFG Programme: Research Fellowships
• International Connection: USA
• Host: Professorin Karlene Cimprich, Ph.D.