Analyse des Krebs Imprintomes und der damit assoziierten langen nicht-kodierenden RNAs

• Antragsteller: Professor Dr. Peter Florian Stadler
• Fachliche Zuordnung: Epidemiologie und Medizinische Biometrie/Statistik
• Förderung: Förderung seit 2013
• Projektkennung: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 234823413

Es hat sich gezeigt, dass alle-spezifische Methylierung - und allel-spezifische Genexpression als eine ihrer wichtigen Folgen - viel verbreiteter sind als Imprinting. Dennoch fehlt es an einem globalen Überblick über die Verbreitung und Bedeutung dieses Phänomens. Wir schlagen vor, diese Phänomene systematisch zu untersuchen, sowohl aus evolutionärer Perspektive, als auch mit dem Ziel, ein besseres Verständnis für die Auswirkungen monoalleler Effekte bei Krebs zu erlangen. Ein wichtiger Aspekt des vorgeschlagenen Arbeitsprogramms besteht darin, ein leicht verwendbares Toolkit von Workflows zur Erkennung monoalleler DNA Methylierung und monoalleler Transkription zu entwickeln und die Integration dieser beiden wichtigen Datentypen zu ermöglichen. Das Projekt zielt darauf ab, die umfangreichen Bisulfit- und RNA-Sequenzdatensätze wiederzuverwenden, die bereits öffentlich verfügbar sind und im Rahmen koordinierter Großprojekte wie dem International Cancer Sequencing Consortium erstellt wurden. Um die evolutionäre Dimension abzudecken, werden verfügbare Daten aus verschiedenen Säugetierarten direkt mit menschlichen und Mäusedaten verglichen. Regulierte DNA-Methylierung ist jedoch nicht nur auf Säugetiere beschränkt, sondern spielt auch eine Schlüsselrolle bei sozialen Insekten. Daher werden wir auch allel-spezifische Effekte und Kastenunterschiede bei Arthropodenarten, insbesondere bei Bienen und Ameisen, berücksichtigen. Geschlechtsspezifische Genexpression und DNA-Methylierung wurden mit Unterschieden in der diagnostischen Effizienz und klinischen Ergebnissen in einer Vielzahl von Krankheiten in Verbindung gebracht. Im Rahmen der vorgeschlagenen Forschung werden wir daher geschlechtsspezifische Unterschiede der allel-spezifischen Effekte in Bezug auf DNA-Methylierung und Transkriptionsleistung bewerten. Ziel des Projekts ist es, ein solides Verständnis für die Verteilung, Variabilität und evolutionäre Plastizität der allel-spezifischen Effekte auf genomweiter Ebene zu liefern.

• DFG-Verfahren: Sachbeihilfen