Comparative phylogeography of three woody species to infer vegetation history of the Patagonian steppe
Final Report Abstract
Die in dem Projekt geplanten vergleichenden phylogeographischen Analysen holziger Steppenarten um deren pleistozäne Verbreitungsgeschichte zu rekonstruieren wurden nicht erreicht. Gründe dafür waren die bei zwei der drei Arten vorhandenen Polyploidkomplexe, die keine interpretierbaren Allelmuster ergaben. Hier hatten wir mögliche Probleme, die durch mangelnde Informationen im Vorfeld zustande kamen, offensichtlich unterschätzt. Für die dritte Art, Mulgurea, ist die gefundene Diversität innerhalb der fast kontinuierlich verbreiteten Populationen sehr gering. Daraus ergibt sich kein Muster, das sich auf Migration zurückführen ließe. Von den vereinzelten weiter nördlich vorkommenden Populationen haben wir bisher einfach nicht genug Material verfügbar um Aussagen zu deren Verhältnis zur südlicheren Hauptpopulation treffen zu können. Die Entwicklung von SSR-seq resultierte in einer Methode, die Mikrosatellitenanalysen genauer macht, da nun nicht nur die Länge der einzelnen Allele erfasst wird sondern auch die genaue Sequenz jedes Allels bekannt ist. Im Gegensatz zu früheren Ansätzen zur Sequenzierung von Mikrosatelliten erlaubt unsere Methode eine parallelisierte Analyse mit NGS, die einfach skalierbar ist. Da Mikrosatelliten die am schnellsten variierenden Bereich des Genoms darstellen können sie auch dann noch Unterschiede enthalten wenn der überwiegende Teil des Genoms, der durch z.B. RADseq und GBS erfasst wird, großteils einheitlich ist und kaum noch Auflösung von Verwandtschaftsbeziehungen erlaubt. Die Kenntnis der die Repeats flankierenden Regionen der SSR-Marker reduziert Homoplasie im Datensatz deutlich und erhöht gleichzeitig die mögliche Auflösung in SSR-Analysen. Die Methode wurde von der Community interessiert aufgenommen und bereits mehrfach für andere Arten verwendet.
Publications
- (2017) Development of microsatellite markers and assembly of the plastid genome in Cistanthe longiscapa (Montiaceae) based on low-coverage whole genome sequencing. PLoS One 12: e0178402
Stoll A, Harpke D, Schütte C, Stefanczyk N, Brandt R, Blattner FR, Quandt D
(See online at https://doi.org/10.1371/journal.pone.0178402) - (2018) SSR-seq: Genotyping of microsatellites using next-generation sequencing reveals higher level of polymorphism as compared to traditional fragment size scoring. Ecol Evol 8: 10817–10833
Šarhanová P, Pfanzelt S, Brandt R, Himmelbach A, Blattner FR
(See online at https://doi.org/10.1002/ece3.4533) - (2019) Tabula rasa in the Patagonian Channels II: The cushion peat bog species Astelia pumila (Asteliaceae) and Donatia fascicularis (Stylidiaceae) survived the last glacial in south-central Chile. J Biogeogr 46: 899–914. DOI: 10.1111/jbi.13562
Pfanzelt S, Šarhanová P, Albach DC, von Hagen KB
(See online at https://doi.org/10.1111/jbi.13562)
