MALDI-TOF/TOF-Massenspektrometer und Ionenfalle inkl. ETD
Final Report Abstract
Sowohl das Maldi-TOF/TOF als auch die ETD Ionenfalle sind in einem Gerätezentrum organisiert, sodass sie einem möglichst großen Kreis an Nutzern unter fachkundiger Aufsicht zur Verfügung stehen. In den letzten 3 Jahren wurden ca. 8000 Proben auf der Ionenfalle und etwa 5000 Proben auf dem Maldi-TOF gemessen. Der größte Teil der Proben wurden zum Zwecke der Proteinidentifikation und Proteinmodifikationen analysiert. Diese, unter dem Begriff „Proteomics“ zusammenzufassenden Ergebnisses sind in den Forschungsarbeiten sehr vieler Projekte und Abschlussarbeiten wiederzufinden. Aufgrund der Diversität und der Anzahl der bearbeiteten Forschungsprojekte kann hier keine detaillierte Übersicht erfolgen. In den meisten Fällen führten die MS-Messungen zu erfolgreichen protein-/biochemische Forschungergebnissen. Beide Geräte werden jüngst intensiv für den Nachweis und Identifikation von Lipiden eingesetzt, wobei auf diesem Gebiet eine Methodenentwicklung stattfindet, die ein echtes „Profiling“ gesamter biologischer Membranen erlauben soll. Weiterhin gelang die Entwicklung einer massenspektrometrischen Methode, die den Nachweis von Cysteinbrücken ermöglicht. Eine entsprechende Software wurde entwickelt und ist öffentlich zugänglich. Bei all den vorgestellten Experimenten war der Einsatz der beiden komplementären Technologien sehr hilfreich, um die z.B. größtmöglichen Identifikationsraten zu erreichen.
Publications
- Characterization and localization of prodiginines from Streptomyces lividans suppressing Verticillium dahliae in the absence or presence of Arabidopsis thaliana. Environ Microbiol 14: 940-52
Meschke H, Walter S, Schrempf H
(See online at https://doi.org/10.1111/j.1462-2920.2011.02665.x) - Genomic and proteomic studies on the effects of the insect growth regulator diflubenzuron in the model beetle species Tribolium castaneum. Insect Biochem Mol Biol., 42:264-76
Merzendorfer et al.
(See online at https://doi.org/10.1016/j.ibmb.2011.12.008) - Nucleoterpenes of Thymidine and 2’-Deoxyinsoine – Synthons for a Biomimetic Lipophilization of Oligonucleotides. Chemistry & Biodiversity, 10, 39
Karl Köstler, Emma Werz, Edith Malecki, Malayko Montilla-Martinez, and Helmut Rosemeyer
- The BLOC-1 complex promotes endosomal maturation by recruiting the Rab5 GTPase-activating protein Msb3. J Cell Biol 201, 97–111
John Peter, A.T., Lachmann, J., Rana, M., Bunge, M., Cabrera, M., and Ungermann, C
- Cellular metabolism regulates contact sites between vacuoles and mitochondria. Dev Cell 30, 86–94
Hönscher, C., Mari, M., Auffarth, K., Bohnert, M., Griffith, J., Geerts, W., van der Laan, M., Cabrera, M., Reggiori, F., and Ungermann, C.
(See online at https://doi.org/10.1016/j.devcel.2014.06.006) - Monofunctional stealth nanoparticle for unbiased single molecule tracking inside living cells. Nano Lett 14, 2189-2195
Lisse D, Richter CP, Drees C, Birkholz O, You C, Rampazzo E, Piehler J
(See online at https://doi.org/10.1021/nl500637a) - Nucleolipids of the Cancerostatic 5-Fluorouridine: Synthesis, Adherence to Oligonucleotides, and Incorporation into Artificial Lipid Bilayers. Chemistry & Biodiversity, 11, 217
Edith Malecki, Vanessa Ottenhaus, Emma Werz, and Helmut Rosemeyer
(See online at https://doi.org/10.1002/cbdv.201300127) - Structural Identification of the Vps18 -Propeller Reveals a Critical Role in the HOPS Complex Stability and Function. Journal of Biological Chemistry 289, 33503– 33512
Behrmann, H., Lurick, A., Kuhlee, A., Balderhaar, H.K., Brocker, C., Kummel, D., Engelbrecht-Vandre, S., Gohlke, U., Raunser, S., Heinemann, U., Ungermann, C.
(See online at https://doi.org/10.1074/jbc.M114.602714) - The I-BAR protein Ivy1 is an effector of the Rab7 GTPase Ypt7 involved in vacuole membrane homeostasis. J Cell Sci 1–19
Numrich, J., Péli-Gulli, M.-P., Arlt, H., Sardu, A., Griffith, J., Levine, T., Engelbrecht-Vandré, S., Reggiori, F., DeVirgilio, C., and Ungermann, C.
(See online at https://doi.org/10.1242/jcs.164905) - The nucleo-cytosolic glutaredoxin S17 interacts with Nuclear Factor NF-YC11/NC2 to maintain the shoot apical meristem under long photoperiods and high temperature. Plant Physiology vol. 167 no. 4 1643-1658
Johannes Knuesting, Christophe Riondet, Carlos Maria, Inga Kruse, Noëlle Bécuwe, Nicolas König, Carsten Berndt, Sébastien Tourrette, Jocelyne Guilleminot-Montoya, Enrique Herrero, Frédéric Gaymard, Janneke Balk, Gemma Belli, Renate Scheibe, Jean-Philippe Reichheld, Nicolas Rouhier, and Pascal Rey
(See online at https://doi.org/10.1104/pp.15.00049)
