HPLC-MS/MS Iontrap Gerät

• Subject Area: Biological Chemistry and Food Chemistry
• Term: Funded in 2010
• Project identifier: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Project number 185778137

• Final Report Year: 2014

Final Report Abstract

Das Gerät wurde schwerpunktmäßig im Rahmen des SFB/TRR 51 „Roseobacter“ eingesetzt. Dabei wurden Signalstoffe und Sekundärmetaboliten dieser marinen Bakterien untersucht. Es wurde zur Identifizierung neuer Naturstoffklassen, wie z. B. den N-Acylalaninmethylestern (NAMES), verwendet und zur quantitativen Bestimmung von Antibiotika, die von Roseobacter produziert werden (Tropodithietic acid). Weiterhin wurden Sekundärmetabolit Screenings von Roseobacter durchgeführt. Die massenspektrometrischen Eigenschaften von bakteriellen Signalstoffen, N-Acylhomoserinlactonen, wurden untersucht. Weiterhin wurde das Gerät für das Mutantenscreening in der Aufklärung des Phenylalanin-Katabolismus in Roseobacter eingesetzt und für Untersuchungen zur Esequiterpen-Biosynthese. Diese Untersuchungen fanden in Kooperation mit den SFB Partnern Prof. Dickschat, Prof. Jahn, Dr. Brinkhoff, Prof. Daniel, Prof. Rabus und Prof. Wagner-Döbler statt. In weiteren Arbeiten wurden Untersuchungen des Naturstoffs Carolacton durchgeführt. In einem vom BMBF geförderten Projekt wurde die Biofilminhibierung untersucht (Prof. Wagner-Döbler). In einem Projekt mit dem DSMZ (Deutsche Sammlung von Mikroorganismen) mit Prof. Overmann werden Bakterienstämme, die von Collembolen isoliert wurden, auf ihre Sekundärmetabolite untersucht. Mit Prof. Mappes wird die chemische Verteidigung von Bärenspinnern untersucht.

Publications

• An unprecedented 1,2-shift in the biosynthesis of the 3-amino-salicylate moiety of antimycins. ChemBioChem 2012, 13, 769-773
  I. Schoenian, C. Paetz, J. S. Dickschat, B. Aigle, P. Leblond, D. Spiteller
  
• Genetic Analysis of the Upper Phenylacetate Catabolic Pathway in the Production of Tropodithietic Acid by Phaeobacter gallaeciensis. Appl. Environ. Microbiol. 2012, 78, 3539-3551
  M. Berger, N. L. Brock, H. Liesegang, M. Docks, I. Preuth, M. Simon, J. S. Dickschat, T. Brinkhoff
  
• Identification of new N-acylhomoserine lactone signalling compounds of Dinoroseobacter shibae DFL-12 by overexpression of luxI genes. ChemBioChem 25, 2355-2361 (2013)
  A. Neumann, D. Patzelt, I. Wagner-Döbler, S. Schulz
  
• N--Acylalanine methyl ethers from Roseovarius tolerans, Structural Analogs of Quorum-Sensing Autoinducers, N-Acylhomoserine Lactones. Chem. Biodiversity 10, 15591573 (2013)
  H. Bruns, V. Thiel, S. Voget, D. Patzelt, R. Daniel, I. Wagner-Döbler, S. Schulz
  
• You are what you talk: quorum sensing induces individual morphologies and cell division modes in Dinoroseobacter shibae. ISME J. 7, 2274-2286 (2013)
  D. Patzelt, H. Wang, I. Buchholz, M. Rohde, L. Gröbe, S. Pradella, A. Neumann, S. Schulz, S. Heyber, K. Münch, R. Münch, D. Jahn, I. Wagner-Döbler, J. Tomasch
  
• A major role for a single Sfp-type PPTase in the biosynthesis of PKS and NRPS derived metabolites in Streptomyces ambofaciens ATCC23877. PLoS ONE 2014, 9, e87607
  R. Bunet, R. Riclea, L. Laureti, L. Hotel, C. Paris, J.-M. Girardet, D. Spiteller, J. S. Dickschat, P. Leblond, B. Aigle
  (See online at https://doi.org/10.1371/journal.pone.0087607)
• Biosynthesis of the Antibiotic Tropodithietic Acid by the Marine Bacterium Phaeobacter inhibens, ChemComm 2014, 50, 5487-5489
  N. L. Brock, A. Nikolay, J. S. Dickschat
  (See online at https://doi.org/10.1039/C4CC01924E)