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Projekt
Entwicklung integrativer Methoden für die Analyse epigenetischer Daten zur Hämatopoiese bei myeloiden Neoplasien
Antragsteller
Professor Dr. Benedikt Brors
Fachliche Zuordnung
Hämatologie, Onkologie
Förderung
Förderung von 2010 bis 2018
Projektkennung
Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) - Projektnummer 171437153
Epigenetische Veränderungen bei Krebserkrankungen können mit heutiger Technologie genomweit untersucht werden. Diese Daten müssen intensiver bioinformatischer Analyse unterworfen werden, um sinnvolle Antworten auf die den Experimenten zugrundeliegenden Fragen zu liefern. Außerdem müssen neue Methoden entworfen werden, um genomweite Befunde über epigenetische Veränderungen in Studien zur Behandlung myeloiden Neoplasien mit Substanzen, die epigenetische Mechanismen beeinflussen, mit Prognose oder dem Therapieerfolg zu assoziieren. In Zusammenarbeit mit anderen Gruppen dieses Schwerpunktprogramms werden wir solche prognostischen und prädiktiven Modelle berechnen und Biomarker-Kombinationen sowie Prädiktionsregeln vorschlagen, die dann in größeren Kollektiven überprüft werden können. Außerdem werden wir Daten über epigenetische Veränderungen bei der Therapie von MDSPatienten mit Valproinsäure daraufhin untersuchen, welche Mechanismen an der Entstehung von Therapieresistenz beteiligt sein könnten. In einem weiteren Projekt werden wir Methoden entwickeln, um Sequenzdaten aus der Analyse von H3K27 Trimethylierung in hämatopoietischen Stammzellen der Maus mit ChIP/seq zu bearbeiten; dabei werden wir insbesondere statistische Testverfahren etablieren, um die Signifikanz beobachteter Unterschiede bewerten zu können. Schließlich werden wir Daten aus der funktionellen Analyse von Tumorsuppressorgen-Kandidaten benutzen, um eine Methode zur schnellen Bewertung der prognostischen Relevanz von Hypermethylierung in ihrem Promoterbereich zu entwickeln und zu testen.
DFG-Verfahren
Schwerpunktprogramme
