Datenintegration, Pathwayanalyse und Modellierung
Final Report Abstract
Am MPIMG wurde ein Datenintegrationssystem entwickelt, das es erlaubte die Projektdaten strukturiert abzulegen und abzufragen. Durch die Einarbeitung vorhandener XML-Standards für wichtige Datentypen wie Mikroarrays, Massenspektroskopie und Protein Interaktionen hat das System eine hohe Konnektivität mit internationalen Standards. Spezielle Import-Schemata wurden für Datentypen erstellt, für die keine Standards vorhanden waren (genetische Daten, Phänotypische Daten) oder die keine einheitlichen Standards erlauben (z.B. Analyseergebnisse). Das Projektinterne System ist Passwortgeschützt und nur für die Projektpartner zugänglich, ein generisches öffentlich-zugängliches System mit allen Softwarekomponenten wurde publiziert und der Community zur Verfügung gestellt (http://dipsbc.molgen.mpg.de). Weiterhin wurden integrative Datenanalysen durchgeführt, z.B. die Kandidatensuche mittels Genexpression und QTL Information; dabei wurden Skripte erstellt, die auch in anderen Projekten bei der Korrelation der Daten zum Einsatz kamen. Die ConsensusPathDB wurde benutzt, um aus den bekannten menschlichen Interaktionen durch Sequenzhomologie ein entsprechendes Interaktionsnetzwerk für das Schwein (pigCPDB) zu erstellen, das als Ressource für funktionelle Studien benutzt werden kann. Dieses System steht der Community ebenfalls zur Verfügung (http://consensuspathdb.org/pig).
Publications
- (2010) Evidence mining and novelty assessment of protein-protein interactions with the ConsensusPathDB plugin for Cytoscape. Bioinformatics, 39(1):712-717
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- (2011) ConsensusPathDB - towards a more complete picture of cell biology. Nucleic Acids Research, 39(1):712-717
Kamburov, A., Pentchev, K., Galicka, H., Wierling, C. K., Lehrach, H., Herwig, R.
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(See online at https://doi.org/10.1186/1471-2105-13-262) - (2012) Construction of a pig physical interactome using sequence homology and a comprehensive reference human interactome. Evolutionary Bioinformatics Online, 8: 119-126
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Dreher, F., Kreitler, T., Hardt, C., Kamburov, A., Yildirimman, R., Schellander, K., Lehrach, H., Lange, B., Herwig, R.
(See online at https://doi.org/10.1186/1471-2105-13-85) - (2012) IntScore - a web tool for confidence scoring of biological interactions. Nucleic Acids Research, 40(Web Server issue):W140-146
Kamburov, A., Stelzl, U., Herwig, R.
(See online at https://doi.org/10.1093/nar/gks492) - (2013) The ConsensusPathDB interaction database: 2013 update. Nucleic Acids Research, 41(Database issue):D793-800
Kamburov, Stelzl, U., Lehrach, H., Herwig, R.
- (2014) Identification of QTL affecting resistance/susceptibility to acute Actinobacillus pleuropneumoniae infection in swine. Mamm Genome
Reiner, G., Bertsch, N., Hoeltig, D., Selke, M., Willems, H., Gerlach, G.F., Tuemmler, B., Probst, I., Herwig, R., Drungowski, M., Waldmann, KH.
(See online at https://doi.org/10.1007/s00335-013-9497-4)
