Hochdurchsatzroboter für Genotypisierungs-, Expressions- und epigenetische Studien
Final Report Abstract
Die Hochdurchsatz-Genotypisierungsplattform des Instituts für Klinische Molekularbiologie (IKMB) ist eine der größten akademischen Plattformen seiner Art in Deutschland. Auf der Plattform können SNP Genotypisierungen für Tausende von Proben innerhalb kürzester Zeit vorgenommen werden. Neben den weiter unten beschriebenen Array-/Chip-basierten Verfahren bietet die Plattform „low-throughput“ (1 SNP pro Probe mit TaqMan/KASPar) und „mid-throughput“ Technologien an (10-40 SNPs pro Probe mit Sequenom Assay). In den ersten 3 Jahren (03/2010- 03/2013) nach Inbetriebnahme des von der DFG co-finanzierten Großgerätes wurden damit insgesamt knapp 15 Milliarden Genotypen für institutsinterne Projekte erzeugt. Weitere 5 Milliarden Genotypen wurden von der Plattform für externe Partner in Form wissenschaftlicher Kooperationen erzeugt. Für die meisten Projekte und damit auch Proben wurde der sogenannte ImmunoChip in der Genotypisierung benutzt. Durch die Komplettierung der genetischen Risikokarten haben wir ein besseres Verständnis der komplexen Entzündungserkrankungen erhalten. Zum Beispiel weiß man nun, dass einige der genannten Erkrankungen auf ein gestörtes Zusammenspiel zwischen dem menschlichen Immunsystem und den körpereigenen sowie eindringenden Bakterien zurückzuführen sind. Es wurde mit den Untersuchungen auch klar, dass viele der Erkrankungen molekular ähnlicher sind als angenommen, obwohl unterschiedliche Organe betroffen sind. Mit Hilfe der oben genannten ImmunoChip Daten können nun systematisch Gemeinsamkeiten und Unterschiede untersucht werden. Ferner ist damit auch eine hochauflösende Untersuchung der HLA-Region auf Chromosom 6p21 möglich, eine der am stärksten und häufigsten krankheitsassoziierten Regionen im menschlichen Genom (v.a. bei Entzündungserkrankungen). Die Plattform ist zwischenzeitlich in die neuen und moderneren Räumlichkeiten des Zentrums für Molekulare Biowissenschaften (ZMB) der Universität Kiel gezogen. Durch die damit intradisziplinäre und noch zentralere Anbindung an den Forschungsbetrieb können so effektiver Kollaborationsprojekte durchgeführt werden. Die Plattform steht allen interessierten Wissenschaftlern/-innen zur Verfügung.
Publications
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(See online at https://doi.org/10.1038/ng.2642)
